[发明专利]用于预测移植中的同种异体反应性的方法和系统

权利要求书

1.一种计算机实现的方法，用于确定移植材料的一个或多个受体与一个或多个供体之间预测的间接识别HLA表位(PIRCHES)的数量，其中所述PIRCHES是来自错配的受体HLA等位基因的受体或供体特定的HLA衍生肽，并且被预测将由共享的(匹配的)HLA分子进行呈递，其中所述方法包括：

a)从受体的错配HLA分子中识别肽；

b)确定a)中所识别出的被预测将由一个或多个已选择的共享的(匹配的)HLA分子进行呈递的肽；

c)从供体的所有已选择的HLA分子来识别肽；

d)确定c)中所识别出的被预测将由一个或多个已选择的共享的(匹配的)HLA分子进行呈递的肽；

其中

e)对于每个共享的MHC I类HLA分子，在b)中所确定而不包括在d)的肽组中的任何肽被表征为PIRCHE I，或者

对于每个共享的MHC II类HLA分子，在b)中所确定而不包括在d)的肽组中的任何肽被表征为PIRCHE II；

其特征在于

f)对于图形数据结构中所存储的信息来执行步骤a)到d)。

2.根据前述权利要求所述的方法，其特征在于，通过软件，例如一个或多个软件模块，来执行步骤f)。

3.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其特征在于，供体和受体之间的HLA配型已经在实现权利要求1的方法之前执行。

4.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其特征在于，所述图形数据结构中所存储的信息是生物数据的电子存储表现和/或对应于一个或多个生物实体。

5.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其特征在于，通过用于在所述HLA分子内预测人类蛋白酶体的切割位点的计算机实现方法，识别来自所述受体的错配HLA分子的肽和来自所述供体的HLA分子的肽。

6.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其特征在于，利用用于预测所述肽与任何给定HLA分子的结合的计算机实现方法，来执行权利要求1的步骤b)和步骤d)。

7.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其特征在于，图形数据结构包括：

-一个或多个HLA值实体，

-一个或多个肽实体，以及

-所述HLA值与肽实体之间的一个或多个关系，其中每个实体存在于图形数据结构中的单个实例中，并且可以显示与另一个实体的一个或多个关系。

8.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其特征在于，HLA值实体与肽具有关系，但是与其他HLA实体没有关系，而肽与HLA值具有关系，但是与其他肽没有关系。

9.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其特征在于，任何给定的HLA值实体“具有”许多个肽(从1到n)，其中任何给定的HLA值实体的每个肽(源于任何给定的HLA值实体的每个肽)与所述HLA值实体具有关系。

10.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其特征在于，每个HLA值实体的所述肽通过对应的HLA分子的氨基酸序列的预测蛋白酶体切割来确定。

11.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其特征在于，通过从0到1(优选地，0到1之间)的切割评分来表示蛋白酶体切割的可能性，其中所述评分体现任何给定的HLA值实体与肽实体之间的关系属性。

12.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其特征在于，执行权利要求1中的步骤a)和步骤c)，以便根据切割评分来确定所述肽的识别。

13.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其特征在于，对于任何给定肽，优选地＞0.5的切割评分足够进行针对所述HLA分子的肽识别。

14.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其特征在于，任何给定的HLA值实体“呈递”许多个肽(从0到n)，其中由任何给定的HLA值实体所呈递的每个肽与所述HLA值实体具有关系。

15.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其特征在于，HLA值实体对于肽的呈递通过所述HLA分子对于所述肽的预测结合和呈递来确定。