[发明专利]DNA甲基化状态作为酒精使用和戒酒的生物标志物

说明书

本公开内容提供了用于测定个体是否在使用酒精，和还用于测定个体是否已经停止使用酒精的方法和材料。

对相关申请的交叉引用

本申请要求于2014年5月30日提交的美国临时申请流水号62/005,408的权益。认为在先申请的此公开公开是本申请的公开内容的一部分(并且通过提及收入本申请的公开内容)。

联邦资助的研究或开发

本发明是在由国立卫生研究院授予的基金号R43AA022041下在政府支持下做出的。政府对本发明具有某些权利。

发明背景

酗酒对全世界数以千万计的个体具有深刻的社会经济和个人影响。不幸的是，做出诊断的能力常常受到对自我报告的依赖阻碍，而监测治疗响应的能力受到缺乏强力和可靠的生物标志物挑战。

发明概述

本公开内容提供了可以用于测定个体是否在使用酒精，和还用于测定个体是否已经停止使用酒精的方法和材料。

在一个方面中，提供了测定个体是否使用酒精的方法。此类方法通常包括测定来自所述个体的生物学样品中的至少一种CpG二核苷酸的甲基化状态；并且关联所述至少一种CpG二核苷酸的甲基化状态以测定所述个体是否使用酒精。

在一些实施方案中，所述至少一种CpG二核苷酸包含染色体10的位置71389896。例如，染色体10的位置71389896处的脱甲基化指示以前或当前的酒精使用；并且染色体10的位置71389896处的再甲基化指示较少的酒精使用或无酒精使用(例如戒酒)。

在一些实施方案中，所述至少一种CpG二核苷酸包含染色体12的位置54677008。例如，染色体12的位置54677008处的脱甲基化指示以前或当前的酒精使用；并且染色体12的位置54677008处的再甲基化指示较少的酒精使用或无酒精使用(例如戒酒)。

在一些实施方案中，所述至少一种CpG二核苷酸包含染色体8的位置75262522。例如，染色体8的位置75262522处的脱甲基化指示以前或当前的酒精使用；并且染色体8的位置75262522处的再甲基化指示较少的酒精使用或无酒精使用(例如戒酒)。

在一些实施方案中，所述至少一种CpG二核苷酸包含染色体9的位置92137791。例如，染色体9的位置92137791处的脱甲基化指示以前或当前的酒精使用；并且染色体9的位置92137791处的再甲基化指示较少的酒精使用或无酒精使用(例如戒酒)。

在一些实施方案中，所述测定步骤包括：在碱性条件下使所述生物学样品中的DNA与亚硫酸氢盐接触以生成经亚硫酸氢盐处理的DNA；任选地，扩增所述经亚硫酸氢盐处理的DNA以生成扩增的经亚硫酸氢盐处理的DNA；使所述经亚硫酸氢盐处理的DNA或扩增的经亚硫酸氢盐处理的DNA与至少一种寡核苷酸接触，所述寡核苷酸与包含所述至少一种CpG二核苷酸的序列互补；并且检测所述至少一种CpG二核苷酸的甲基化状态。

在一些实施方案中，所述至少一种寡核苷酸检测所述经亚硫酸氢盐处理的DNA中处于未甲基化状态的所述CpG二核苷酸。在一些实施方案中，所述至少一种寡核苷酸检测所述经亚硫酸氢盐处理的DNA中处于甲基化状态的所述CpG二核苷酸。代表性的生物学样品包括但不限于外周血，淋巴细胞，尿液，唾液和颊细胞。在一些实施方案中，使用经亚硫酸氢盐处理的DNA测定所述至少一种CpG二核苷酸的甲基化状态。在一些实施方案中，此类方法进一步包括自所述个体获得关于所述个体是否是酒精使用者的自我报告数据。

在另一个方面中，提供了用于测定个体是否使用酒精的计算机执行的方法。此类方法通常包括获得与所述使用者相关的测量数据，所述测量数据包括一个或多个测量的CpG甲基化状态；基于获得的测量数据生成预测评分；并且基于所述预测评分，提供所述使用者的酒精使用的可能性。