[发明专利]检测多种新生儿遗传代谢病致病基因的引物及试剂盒

说明书

本发明公开了一种用于新生儿遗传代谢疾病基因体外定性检测的引物的设计方式，包括如下步骤：1)、获得遗传病相关的致病基因信息：通过OMIM数据库获得多种遗传性疾病相关的致病基因信息，包括基因位置信息、突变位点信息，然后根据得到的基因信息从NCBI数据库得到相关基因的外显子及内含子信息；2)、针对相关基因设计引物：对于每个基因的外显子及外显子内含子结合区域设计对应的特异性引物F1和R1。本发明还同时公开了综合征型耳聋的第一轮PCR引物序列表、G6PD基因的第一轮PCR引物序列表、SLC12A3基因第一轮PCR引物序列表。本发明能用于检测22种常见新生儿遗传病相关的基因。

技术领域

本发明涉及分子生物学和医学检测领域，特别涉及一种可用于二代测序平台的新生儿遗传代谢病基因检测方法。

背景技术

遗传性代谢病(inherited metabolic diseases,IMD)又称为先天性代谢缺陷病(inborn errors of metabolism，IEM)是因为维持机体正常代谢所必需的某种酶、运载蛋白、膜或受体等的编码基因发生突变，使其编码的产物功能发生改变，而出现相应的实验室检查异常和临床症状的一类疾病。它涉及氨基酸、有机酸、脂肪酸、尿素循环、碳水化合物、溶酶体、类固醇等多种物质代谢的异常。该类疾病大多为单基因遗传病，少数为线粒体基因遗传病。这类疾病发病后常呈进行性加重，如未能早期识别诊断、干预、治疗，常导致早期夭折或终身残疾，且以神经、智力残疾为最多，会严重影响人口素质，造成家庭和社会的沉重负担。因此开展IEM的早期筛查，实现早期诊断成为IMD防治的关键，避免和减少残疾儿童的发生，对提高人口素质，推动国民经济发展有着重要的意义。

目前，IMD的诊断方法主要有尿显色分析、枯草杆菌抑制试验、酶活性测定、气相色谱-质谱联用技术(GC-MS)、串联质谱联用技术(MS/MS)、单基因分析等。这些诊断方法用于IMD筛查具有局限性：(1)普遍通量低，一般一次只能检测一种至几十种，不能满足IMD可检出病种的逐年增多，并且需要对遗传性代谢病有准确的预判；(2)不同IMD的检测方法各异，样本多样，如一些疾病检测蛋白水平、而另一些疾病则检测基因水平，有些疾病需要尿液样本、而另一些则需要血液样本。因此不大适合以此开展大规模的遗传性代谢病的筛查，亟需要一种能高通量检测IMD多种疾病的技术。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种常见新生儿遗传代谢病相关基因的高效检测方法，本发明的检测方法旨在降低检测成本。

为了解决上述技术问题，本发明提供一种用于新生儿遗传代谢疾病基因体外定性检测的引物的设计方式，包括如下步骤：

1)、获得遗传病相关的致病基因信息：

通过OMIM数据库获得多种(例如为22种)遗传性疾病相关的致病基因信息，包括基因位置信息、突变位点信息，然后根据得到的基因信息从NCBI数据库得到相关基因的外显子及内含子信息；

2)、针对相关基因设计引物：

对于每个基因的外显子及外显子内含子结合区域设计对应的特异性引物F1和R1，设计原则为：每个外显子外延5bp，以保证将外显子内含子结合区域包含在内；引物序列区保守，即不存在突变或SNP，Tm值均一，Tm值的差异在5℃之内；扩增产物至少有10bp的重叠区；在每对引物前加上一段自行设计的序列A1和A2以及一段6个碱基的识别序列，用以二代测序结果的识别；引物F1和R1的序列组成图见原理图，图1；

备注说明：A1对应的是F1，A2对应的是R1。

由于很多基因会由可变剪切形成的不同外显子组合构成的不同转录本，剪接成每个转录本的外显子在数量或大小上也有所不同，本发明中涉及到的基因的外显子是将目前NCBI中已发现的不同转录本的外显子集合为设计引物的模板，原理见图2。

每个扩增片段长度约300bp。

A1和A2的序列如下：