[发明专利]一种寸三莲典型品系的分子鉴定方法及引物

说明书

技术领域

本发明涉及湘莲品种的分子鉴定方法，具体涉及表型优良的寸三莲典型品系的分子鉴定方法及所用的引物。

背景技术

籽莲(NelumbonuciferaGaertn.)是我国的特色水生蔬菜之一，其果实-莲子可供食用、药用，其花朵-荷花是中国十大名花之一，深受人们喜爱和广泛种植，其中湖南籽莲品种“寸三莲”因其优良品质在清道光、光绪期间作为贡莲，更倍受人瞩目。寸三莲三颗莲子正好一寸长，故称“寸三莲”，色白、营养，百克莲子的蛋白质含量比鸡蛋还高。作为“寸三莲”的起源地，寸三莲一直作为当地重要的经济作物，在大面积推广种植。目前各“寸三莲”种植户一般都是自行留种进行种植，种植户之间存在多种“寸三莲”品系或株系，且各品系或株系之间品质存在较大的差异。“寸三莲”这种比较混乱的市场，给湘莲市场和湘莲品牌带来了不利影响。因此很有必要对当前混乱的“寸三莲”品系或株系亲缘关系进行分子检测分析，从分子水平上探索不同籽莲资源的遗传差异，并最终获得对表型优良、当地政府主推的核心品系“341”及其亲缘关系很近的籽莲品种具较好识别作用的鉴定体系。

SRAP标记，相关序列扩增多态性(sequence-relatedamplifiedpolymorphism，SRAP)是一种基于PCR的标记系统，由美国加州大学蔬菜作物系Li与Quiros博士2001年提出，又叫基于序列扩增多态性(sequence-basedamplifiedpolymorphismSBAP)。该标记通过独特的引物设计对ORF(openreadingframes)进行扩增，上游引物长17bp，5’端前10个碱基为“填充”序列(fillersequence)，无任何特异组成，接着为CCGG序列，它们组成核心序列及3’端3个选择性碱基，对外显子进行特异扩增。下游引物长18bp，5’端前11个碱基为“填充”序列，紧接着是AATT，它们组成核心序列及3’端3个选择性碱基，对内含子区域、启动子区域进行特异扩增。因个体不同以及物种的内含子、启动子与间隔区长度不等而产生多态性。该标记具有简便、稳定、产率高、便于克隆目标片段的特点，并已被应用于图谱构建、比较基因组学和遗传多样性分析。

因此，本发明以前期研究确定田间种植表型优秀、编号为“341”号的寸三莲为核心品系(已被湘潭县科技局鉴定认可)，以“寸三莲”原产地的湖南湘潭区域内101份“寸三莲”和21份太空莲等籽莲品种为对比材料，应用SRAP技术，进行了试验研究，得到用于鉴别寸三莲典型品系的引物对、反应体系及其特异性扩增条带。

发明内容

本发明的目的是提供一种对寸三莲表型优良的典型品系的分子鉴定方法及其所用的引物，给寸三莲这一湘莲品牌中优良品系的筛选和鉴定提供有力的依据和有效简便的方法。

一种寸三莲典型品系的分子鉴定方法，待检测品种的DNA利用以下引物对进行PCR扩增，上游引物ME6：5’-TGAGTCCAAACCGGACA-3’，下游引物EM2：5’-GACTGCGTACGAATTTGC-3’；扩增出390bp的特异性条带则鉴定为寸三莲典型品系。

上述PCR扩增反应体系为12.5μL，其中ddH₂O7.05μL，DNA模板2μL，buffer1.25μL，dNTPs1.0μL，上下游引物各0.5μL，Taq酶0.2μL；PCR扩增程序为：94℃预变性5min，之后共35个循环：94℃变性20s，54℃退火20s，72℃延伸30s；最后72℃延伸7min。

本发明利用SRAP标记技术筛选到一对可以用于鉴定表型优良的寸三莲典型品系的引物及其扩增的特异性条带，能够对当前混乱的寸三莲湘莲品种亲缘关系进行分子检测分析，从分子水平上探索不同籽莲资源的遗传差异，并最终获得对表型优秀、编号为“341”号的“寸三莲”核心品系及其亲缘关系很近的籽莲品种具较好识别作用的鉴定体系。

附图说明

图1为本发明部分子莲样品DNA提取结果电泳图；

图2为本发明引物对ME6+EM2扩增结果电泳图(部分样本)；

图3为本发明引物对ME6+EM2扩增结果电泳图(部分样本)。

具体实施方式

以下结合具体实施方式旨在进一步说明本发明，而不会形成对本发明的限制。

1.材料与方法

1.1.1籽莲样品的采集