[发明专利]利用Taqman MGB探针检测绵羊FecB基因多态性的方法

说明书

技术领域

本发明涉及分子标记检测技术，具体地说，涉及一种利用TaqmanMGB探针检测绵羊FecB基因多态性的方法。

背景技术

家畜的产仔数是经济价值十分巨大的数量性状。对绵羊产羔数的选择不仅受到性别和年龄的限制，而且绵羊的产羔数是一个遗传力很低的数量性状，因此难以用常规的育种技术来改良产羔数性状。标记辅助选择能够通过影响选择的时间、选择的强度和准确性而极大地提高这类低遗传力性状的选择功效，而找到与这些数量性状基因座相连锁的分子遗传标记，则是实现标记辅助选择的先决条件。

上世纪50年代，Seears兄弟选育出一群可以生多胞胎的澳大利亚美利奴(BooroolaMerino,BM)，并报道这种产多胞胎的美利奴绵羊比其他群体的美利奴绵羊产羔数提高了30％。该基因已被绵羊和山羊遗传命名委员会定名为FecB(FecundityBooroola)。Montgomery等用遗传连锁和微卫星标记定位的方法将FecB基因定位于Booroola羊的第6号常染色体上。最终研究者发现绵羊FecB的影响是由于骨形态发生蛋白受体1B(Bonemorphogeneticproteinreceptor1B,BMPR1B)基因编码区发生了A746G突变，从而引起第249位氨基酸由谷氨酰胺变为精氨酸(Q249R)。1个Fec^B拷贝增加排卵数1.3-1.6枚，母羊产羔数增加0.9-1.2只；2个Fec^B拷贝增加排卵数2.7-3.0枚，母羊产羔数增加1.1-1.7只。

由于FecB基因能提高绵羊繁殖力，可带来巨大的经济利益，因此各地展开了对不同绵羊品种FecB基因检测。目前研究表明FecB突变存在于世界各地各种高繁殖力绵羊品种中。我国的湖羊和小尾寒羊均携带此突变。传统的FecB基因检测方法，大多采用PCR-RFLP(polymerasechainreaction-restrictionfragmentlengthpolymorphism)和PCR-SSCP(polymerasechainreaction-singlestrandconformationpolymorphism)检测方法，这些方法通量较低，程序繁多，较难实现高通量自动化测定。

在PCR反应系统中加入2种不同荧光标记的探针，它们可分别与2个等位基因完全配对。正常情况下，由于探针5′端荧光基团和3′端淬灭基团紧邻在一起，荧光被淬灭。随着PCR的有效进行，与模板完全配对的探针逐步被TaqDNA聚合酶5′→3′外切酶活性切割，致使探针5′端上的荧光基团与3′端的淬灭基团分离，淬灭效应解除，报告荧光基团被激活；而与模板不能完全配对的探针，表明另一对等位基因不能被有效切割，故检测不到荧光信号，通过相应仪器检测荧光值的变化即可实现SNP位点检测。

单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)主要指在基因组水平上，由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性。是一种十分理想、有效的分子标记。

发明内容

本发明的目的是提供一种利用TaqmanMGB探针检测绵羊FecB基因多态性的方法。

为了实现本发明目的，本发明的一种检测绵羊多胎主效基因FecB基因型的方法，其是对绵羊第6号染色体上第29382188bp位点(NC_019463.1，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v3.1，2012年12月)的核苷酸进行单核苷酸多态性检测，根据检测结果判定绵羊FecB基因为AA、AG或GG。本发明中单核苷酸多态性检测所采用的方法为TaqmanMGB探针法。

本发明首先提供用于检测绵羊FecB基因型的引物和探针：

所述引物的核苷酸序列如下：

正向引物：5’-CCAGCTGGTTCCGAGAGACA-3’

反向引物：5’-CTTATACTCACCCAAGATGTTTTCATG-3’

所述探针的核苷酸序列如下：

P-G：5’-F1-AAATATATCGGACGGTGTT-MGB-3’

P-A：5’-F2-AAATATATCAGACGGTGTTG-MGB-3’

其中，F1和F2为不同颜色的荧光报告基团。优选地，F1为FAM，F2为HEX。

本发明还提供含有所述引物和探针的用于检测绵羊FecB基因型的试剂盒。

优选地，所述试剂盒还包括dNTPs、TaqDNA聚合酶、Mg²⁺、PCR反应缓冲液中的一种或多种。