[发明专利]与辣椒CMV抗性基因紧密连锁的分子标记genSSR3000及获取、应用

说明书

技术领域

本发明属于基因工程领域，具体涉及与辣椒CMV抗性基因紧密连锁的分子标记genSSR3000及获取方法和应用。

背景技术

辣椒(Capicum annuum L.)是世界范围内广泛栽培的重要蔬菜作物。黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)是一种毁灭性病害，是危害辣椒的主要病毒之一。CMV常引起辣椒叶型畸形皱缩，严重时植株萎缩，果实小而发硬，导致产量下降，品质降低。CMV可严重影响辣椒的产量和品质，一般年份可造成辣椒减产20％-30％，严重时可达50％-60％。在栽培生产过程中为防治辣椒CMV病害而频繁施用的化学农药，已经影响到辣椒产品的食用安全，对人体健康构成了严重威胁，也对生态环境造成了污染。实践表明，培育抗病品种是防治病害最经济有效的方法。同时发掘辣椒种质资源的优异抗CMV基因，对其进行分子水平的遗传解析，对于明确抗病基因作用的分子机理和抗病育种具有重要意义。

辣椒CMV抗性遗传规律复杂，不同的抗原材料抗病遗传模式不同。根据系列研究报道和发明人课题组做过的遗传规律研究，绝大多数CMV抗性材料抗性表现为数量性状遗传模式，大家纷纷针对手中的CMV抗性材料进行了QTL定位，但由于抗性材料不同或CMV毒源不同，QTL定位结果相互间差异很大，难以比较。根据以往研究报道，仅有极少数材料CMV抗性由单基因控制，如韩国报道Bukang的CMV抗性由单显性基因控制，并针对此单显性基因开发出了紧密连锁的分子标记。然而至今，尚未有与辣椒CMV抗性单隐性基因紧密连锁的分子标记的相关研究报道。

发明内容

本发明的目的是提供与辣椒CMV抗性基因紧密连锁的分子标记genSSR3000。

本发明的目的是通过以下技术方案实现的：

与辣椒CMV抗性基因紧密连锁的分子标记genSSR3000，所述分子标记具有序列表中的SEQ ID NO:1～2的至少一个的核苷酸碱基序列。

所述分子标记应用辣椒材料中cr基因的检测。

与辣椒CMV抗性基因紧密连锁的分子标记genSSR3000的应用，其特征在于：

所述检测包括以下步骤：

辣椒材料基因组DNA提取步骤：对辣椒材料进行提取处理，得到辣椒材料基因组DNA；

PCR扩增反应步骤：以所述分子标记作为PCR引物，以该辣椒材料基因组DNA作为模板，进行PCR扩增反应，得到扩增产物；

分析步骤：将所述扩增产物进行电泳分离处理，显色处理，再统计分析所述辣椒材料是否含有cr基因。

在上述检测优选的实施方式中，所述PCR扩增反应步骤中，PCR标记反应体系中含有：

模板DNA 0.5-2.0ng/μL，正向、反向引物各1-10ng/μL，dNTP各100-500μmol/L，MgCl₂ 1-5mmol/L，Taq DNA聚合酶0.1-0.5U/μL，体积百分比为10-20％的10×Taq Buffer；

示例性地，所述PCR标记反应体系中各个成分的含量可以为以下任意值或任意值之间的范围：

模板DNA 0.5ng/μL、1ng/μL、1.5ng/μL、2ng/μL，正向、反向引物各1ng/μL、2ng/μL、6ng/μL、8ng/μL、10ng/μL，dNTP各100μmol/L、200μmol/L、300μmol/L、400μmol/L、500μmol/L，MgCl₂ 1mmol/L、2mmol/L、3mmol/L、4mmol/L、5mmol/L，Taq DNA聚合酶0.1U/μL、0.2U/μL、0.3U/μL、0.4U/μL、0.5U/μL，10×Taq Buffer：10％、12％、15％、18％、20％；

优选地，所述PCR标记反应体系中含有：

模板DNA 1.6ng/μL，正向、反向引物各5ng/μL，dNTP各100μmol/L，MgCl₂ 1mmol/L，Taq DNA聚合酶0.1U/μL，体积百分比为10％的10×Taq Buffer。

在上述检测优选的实施方式中，所述PCR扩增反应步骤中，PCR标记反应体系中含有：

体积百分含量为10-50％的模板DNA(2.5ng/μL)，正向、反向引物(50ng/μL)的体积百分含量各5-15％，体积百分含量为40-60％的GoGreen Master mix；

示例性地，所述PCR标记反应体系中各个成分的含量可以为以下任意值或任意值之间的范围：