[发明专利]菊花耐盐性关联分子标记及其获得方法和应用

说明书

本发明公开了菊花耐盐性关联分子标记及其获得方法和应用。该获得方法包括a.连续两年的耐盐性鉴定；b.菊花品种群体结构分析；c.菊花品种亲缘关系分析；d.与菊花耐盐性紧密关联的分子标记的确定。本方法同时运用SRAP、SCoT和EST‑SSR三种分子标记技术对159个切花菊品种进行全基因组分子标记扫描，得到的染色条带数量丰富、多态性好、重复性高，有利于获得与耐盐性紧密关联的分子标记。本发明检测到3个标记位点与品种的耐盐性显著关联，为菊花耐盐性分子标记辅助选择提供一定参考。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及菊花耐盐性关联分子标记及其获得方法和应用。

背景技术

菊花(Chrysanthemum morifolium Ramat.)原产中国，是菊科菊属多年生宿根草本植物。菊花品种繁多，种质资源丰富，蕴含着丰富的遗传变异信息。土壤盐害一直是影响农业生产的一个重要因素，设施栽培造成的次生性盐害也越来越多的受到人们的关注。切花菊种植于温室大棚内，栽培管理过程中施用化肥但不能得到雨水的充分淋溶，加之土壤表层水分不断地蒸发会造成设施土壤中盐分积累，影响切花菊根系对水、肥的吸收，最终导致其生长发育受阻，降低品质。菊花耐盐性为复杂的数量性状，其遗传机制复杂。因此，了解切花菊品种资源的多样性和亲缘关系，挖掘与耐盐性等数量性状紧密关联的分子标记有利于开展相关性状优异等位基因位点挖掘和分子标记辅助选择育种。

关联分析(连锁不平衡作图或关联作图)以连锁不平衡(linkagedisequilibrium，LD)为基础，以自然群体为研究对象，检测群体内目标性状与遗传标记或候选基因的遗传变异的显著关联；可同时检测自然群体中的多个等位基因，利于在大量的种质资源中鉴定对目标性状有正向贡献的优异等位基因。相比传统的QTL作图技术，关联分析具有以下优点：(1)研究周期短，一般以自然群体为材料，无需构建专门的作图群体；(2)所用群体遗传基础广，可同时对同一基因座的多个等位基因进行分析；(3)定位精度高，可达到单基因水平。利用自然群体在长期进化过程中所累积的重组信息，分辨率高，可实现QTL的精细定位，甚至可直接定位到基因本身；(4)可以通过多年、多点试验去除环境因子对性状统计的影响。

土壤盐碱化是全球性问题，严重影响了生态环境和农业生产。目前我国菊花生产基本上为分散型区域性生产，沿海和北方地区的盐渍土壤严重限制了菊花的栽培推广。因此，提高菊花品种的耐盐性是菊花育种研究中的一个重要目标。然而目前关于菊花耐盐性关联分子标记的精确定位和克隆还尚未见报道。

发明内容

针对现有技术中菊花耐盐性优质基因的精确定位和克隆的研究在国内外几乎空白这一现状，本发明通过筛选出多个与菊花耐盐性基因位点紧密关联的分子标记，从而建立菊花耐盐性分子标记辅助选择体系，提高菊花优良耐盐性种质资源的选择效率，为菊花新品种选育奠定基础。本发明的目的通过以下技术手段获得：

一种菊花耐盐性关联分子标记的获得方法，包括以下步骤：

a、耐盐性鉴定：选取不同来源且无直接亲缘关系的若干个菊花品种，收集耐盐性数据，对耐盐性数据进行基本描述性统计分析；

b、菊花品种群体结构分析：

1)提取菊花品种的基因组DNA；

2)随机选取菊花品种基因组DNA，对SRAP、SCoT和EST-SSR引物组合进行筛选，将筛选出的扩增条带清晰、稳定且多态性丰富的引物组合用于菊花品种的全基因组分子标记扫描，统计扫描得到的多态性条带数据结果；

3)对菊花品种群体进行类群划分，计算各个品种的Q值即某个品种的基因组变异源于某个群体的概率，并绘制出群体结构图；

c、菊花品种亲缘关系分析：根据三种标记的整合数据分析品种间的亲缘关系，得到亲缘关系系数K矩阵；