[发明专利]一种基于受选择位点指数评估动植物品种育种潜力的方法

权利要求书

1.一种基于受选择位点指数评估籼稻育种潜力的方法，包括以下步骤：

步骤S1，获得同一物种大量品种的多态性位点的基因型数据，去除缺失值大于20％的位点；

步骤S2，对步骤S1获得的预处理数据进行群体遗传分析，划分亚群；即基于随机选择的基因组上均匀分布的位点，或基于连锁不平衡筛选独立的位点，或选择使用所有位点，使用基于最大似然法或贝叶斯方法的软件划分亚群；

步骤S3，对步骤S2获得的不同亚群，选择任意两个亚群，使用群体遗传学方法鉴定亚群间有差异的受选择区段；

步骤S4，对步骤S3获得的受选择区段，鉴定受选择的单倍型；即选择两个亚群后，再选一个差异最大的亚群作为外群，鉴定每个位点原始基因型和衍生基因型；外群中的主要基因型定义为原始基因型；对所选外群和两个亚群，筛选外群中原始基因型频率大于98％且衍生基因型在这两个亚群中频率差异最大的少于25％的位点；

基于上一步操作所筛选出的位点，对所选两个亚群间的每个差异受选择区段，计算每个品种中属于衍生基因型位点的个数，所有品种中该数值最大值的一半确定为阈值；大于该阈值的品种认为在该区段具有受选择的单倍型；

步骤S5，对步骤S4获得的受选择单倍型，计算不同品种包含的具有受选择单倍型的受选择区段的数目，即受选择位点指数；依据受选择位点指数与育种目标值之间的正相关关系评估待测品种的育种潜力；

所述的物种为籼稻。

2.根据权利要求1所述的方法，步骤S2中的软件包括但不限于STRUCTURE和ADMIXTURE，所假定亚群的数目不小于3个，划分亚群的参数为最大亚群组分值与第二亚群组分值之间差异大于或等于0.4，小于0.4的品种视为中间型不归入任何亚群。

3.根据权利要求1所述的方法，步骤S3中群体遗传学方法包括但不限于Fst、Tajima’s D、CLR、XP-CLR和XP-EHH。

4.根据权利要求1所述方法，经步骤S3获得的籼稻品种中受选择区段包括：

染色体受选择区段坐标基于日本晴 Nipponbare基因组Michigan State University拼接版本6.1。