[发明专利]用来评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的标志物有效
申请号: | 201510542863.6 | 申请日: | 2015-08-28 |
公开(公告)号: | CN105177130A | 公开(公告)日: | 2015-12-23 |
发明(设计)人: | 刘映霞;王珲;麻锦敏 | 申请(专利权)人: | 深圳市第三人民医院 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;C12N15/11 |
代理公司: | 深圳市中知专利商标代理有限公司 44101 | 代理人: | 吕晓蕾 |
地址: | 518112 广东省深圳市*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用来 评估 艾滋 病人 发生 免疫 重建 综合症 标志 | ||
1.一种用来评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的标志物,其特征在于,至少包括九个基因:DEFA3基因、S100A8基因、FFAR2基因、LCN2基因、FCRL1基因、SLC25A37基因、CXCR2P1基因、RGCC基因和GMPR基因。
2.由DEFA3基因、S100A8基因、FFAR2基因、LCN2基因、FCRL1基因、SLC25A37基因、CXCR2P1基因、RGCC基因和GMPR基因形成的基因组合物的用途,其特征在于,在制备用来评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的产品中的应用。
3.一种筛选艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的生物样品的系统,其特征在于,包括:
核酸序列确定装置,用于对生物样品中提取的核酸样本进行分析,以便确定所述核酸样本的核酸序列;以及
判断装置,所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连,以便基于将测序产生的短序列和人类基因表达数据库比对,分别得到DEFA3基因、S100A8基因、FFAR2基因、LCN2基因、FCRL1基因、SLC25A37基因、CXCR2P1基因、RGCC基因和GMPR基因的相对表达量RPKM,用于判断艾滋病人是否发生免疫重建炎性综合症;
任选的,还包括核酸提取装置,所述核酸提取装置与所述核酸序列确定装置相连,用于提取所述生物样品中的核酸样本;
任选的,得到相对表达量RPKM之后是用公式计算后得到风险值f(x),然后用于判断艾滋病人是否发生免疫重建炎性综合症,所述公式为:
f(x)=40-0.301926548369785(DEFA3)+0.00490277165036895(S100A8)+0.560530444576423(FFAR2)+1.63850558112781(LCN2)-0.142277506530434(FCRL1)+0.410319980880293(SLC25A37)+0.190096182111239(CXCR2P1)-0.199495833744442(RGCC)-0.370577325294511(GMPR)。
4.一种用来评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的标志物,其特征在于,至少包括九个基因:CD79A基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLED1基因、CD22基因、ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因和RGCC基因。
5.由CD79A基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLED1基因、CD22基因、ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因和RGCC基因形成的基因组合物的用途,其特征在于,在制备用来评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的产品中的应用。
6.一种用来评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的产品,其特征在于,包括用于CD79A基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLED1基因、CD22基因、ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因和RGCC基因的实时定量PCR的试剂。
7.包括用于CD79A基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLED1基因、CD22基因、ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因和RGCC基因的实时定量PCR的试剂的用途,其特征在于,用来制备评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的产品。
8.一种引物组合物,其特征在于,包括扩增CD79A基因的至少一对引物、扩增LCN2基因基因的至少一对引物、扩增FFAR2基因的至少一对引物、扩增SLED1基因的至少一对引物、扩增CD22基因的至少一对引物、扩增ANKRD22基因的至少一对引物、扩增GP9基因的至少一对引物、扩增DEFA3基因的至少一对引物和扩增RGCC基因的至少一对引物。
9.根据权利要求8的引物组合物的用途,其特征在于,用于制备评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的试剂盒。
10.一种筛选艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的生物样品的系统,其特征在于,包括:
实时定量PCR扩增模块,所述实时定量PCR扩增模块中设置有ACTB基因、CD79A基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLED1基因、CD22基因、ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因和RGCC基因的特异性引物,以便利用所述特异性引物,对生物样品中提取的核酸样本进行实时定量PCR扩增,得到每个基因的Ct值;以及
判断装置,所述判断装置与所述PCR扩增模块相连,基于CD79A基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLED1基因、CD22基因、ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因和RGCC基因中的每个基因的实时定量PCR的Ct值与ACTB基因的实时定量PCR的Ct值之间的比值,用于判断艾滋病人是否发生免疫重建炎性综合症;
任选的,还包括核酸提取装置,所述核酸提取装置与所述核酸序列确定装置相连,用于提取所述生物样品中的核酸样本;
任选的,得到比值之后是用公式计算后得到风险值f(x),然后用于判断艾滋病人是否发生免疫重建炎性综合症,所述公式为:
f(x)=-25.97422122-259.8669408(CD79A)+13515.90815(LCN2)+3335.943735(FFAR2)+7311.600215(SLED1)-318.4503906(CD22)+1692.184761(ANKRD22)-247.6957422(GP9)-2322.113802(DEFA3)-1821.5596(RGCC)。
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