[发明专利]华山新麦草Ns基因组特异分子标记引物及其使用方法

说明书

本发明公开了一种华山新麦草Ns基因组特异分子标记引物及其使用方法，涉及生物基因工程领域，SCAR标记引物为Ph‑D15‑2，将SCAR标记引物进行PCR扩增。本发明的有益效果如下：获得更多的Ns基因组特异重复序列，将其转化为Ns基因组特异的SCAR标记，以补充现有Ns基因组特异标记的不完整性，以更有效准确地鉴定Ns基因组遗传物质。

技术领域

本发明涉及生物基因工程领域，特别涉及一种华山新麦草Ns基因组特异分子标记引物及其使用方法。

背景技术

华山新麦草(2n＝14，Ns)是小麦重要的近缘种属，携带多种抗性基因。有较多报道表明，已将华山新麦草遗传物质转移到小麦遗传背景中，为普通小麦提供必要的抗性资源。在华山新麦草遗传物质向小麦转移的过程中，华山新麦草遗传物质的准确鉴定与追踪是重要的而迫切的工作。目前，Du et al(2013)和Wang et al(2014)已利用RAPD技术克隆到Ns基因组的特异重复序列，并成功将其转化为更为稳定的SCAR标记，分别命名为RHS12及RHS141。经验证，这两条SCAR标记均可在华山新麦草亲本及小麦-华山新麦草1Ns-7Ns附加系中扩增出华山新麦草Ns基因组的特异片段，为华山新麦草优异性状向小麦遗传背景中的转移提供技术支持。

现有技术一的技术方案：

建立基因组特异分子标记是鉴定、追踪小麦近缘物种遗传物质的最为有效的方法。因此，建立华山新麦草Ns基因组特异分子标记的主要技术为：利用RAPD引物在华山新麦草、小麦及部分近缘物种中扩增获得华山新麦草Ns基因组特异条带，对该条带进行克隆测序，并在NCBI数据库中对该序列进行搜索、比对。根据比对结果，明确该序列与小麦及部分近缘物种相关序列的低同源区域，根据低同源区的碱基序列设计SCAR引物。通过将此SCAR引物在小麦、华山新麦草及部分小麦近缘物种或小麦-华山新麦草异源材料中的扩增，以验证该SCAR引物对华山新麦草遗传物质的特异性。

现有技术一的缺点：

由RADP随机引物扩增获得的条带多为重复序列，其中最为常见的为反转录转座子。反转录转座子根据其序列可分为多个家族。不同家族的反转录转座子，甚至是同一家族的反转录转座子在染色体上的拷贝数有高有低，且分布区域有一定的特异性，比如：仅分布于1Ns-7Ns染色体中的一条或几条染色体上，或仅分布于染色体臂近着丝粒区等。因此由一条RAPD扩增序列转化得到的稳定SCAR标记仅能鉴定、追踪到特异的华山新麦草Ns染色体(片段)，不能做到对每一条Ns染色体、一条Ns染色体的全部区域(近着丝粒区、染色体臂中部、染色体臂端部)进行鉴定和追踪。因此，需开发更多的SCAR标记以满足实践需要。

缩略语和关键术语定义

RAPD:随机扩增多态性DNA标记，利用10个碱基的随机引物，对供试材料进行扩增，获得多态性片段。

SCAR：特定序列扩增。通常是由RAPD、SRAP、SSR标记转化而来。SCAR标记是将特异标记片断从凝胶上回收并进行克隆和测序，根据其碱基序列设计一对特异引物(18-24碱基)，比RAPD标记更稳定。

发明内容

本发明是针对现有技术不能做到对每一条Ns染色体、一条Ns染色体的全部区域进行鉴定和追踪而提出的一种华山新麦草Ns基因组特异分子标记引物及其使用方法，本发明所提供的分子标记可作为现有技术的有益补充。

为补充完善以上问题，本发明采用的技术方案如下：一种华山新麦草Ns基因组特异分子的标记引物，SCAR标记引物为Ph-D15-2，其中所述的SCAR引物序列为：

F:5′-GGTAAAGGTGGTGGTTCGTAGT-3′

R:5′-TTTCTGGTGACATGGGTAGCA-3′。