[发明专利]一种大样本高通量生物数据关联分析方法有效
| 申请号: | 201510353906.6 | 申请日: | 2015-06-24 |
| 公开(公告)号: | CN104978497B | 公开(公告)日: | 2019-01-29 |
| 发明(设计)人: | 李其刚;孔庆鹏 | 申请(专利权)人: | 中国科学院昆明动物研究所 |
| 主分类号: | G16B5/00 | 分类号: | G16B5/00 |
| 代理公司: | 四川君士达律师事务所 51216 | 代理人: | 芶忠义 |
| 地址: | 650223 *** | 国省代码: | 云南;53 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 样本 通量 生物 数据 关联 分析 方法 | ||
1.一种大样本高通量生物数据关联分析方法,其特征在于,包括:通过比较每个样本内基因间的大小关系建立每个基因的频数表,将对数似然模型应用到每个频数表计算似然值,排序似然值得到跟表型差异最相关联的基因;
所述通过比较每个样本内基因间的大小关系建立每个基因的频数表的步骤包括:对于基因 i,首先在每个样本内比较基因i和其它基因的大小关系,然后根据R、C、 S、G 4个变量计算频数,得到包含四个变量的频数表,其中,R表示大小关系,C表示肿瘤类型,S表示正常还是肿瘤样本,G表示同基因i比 较的基因;
所述将对数似然模型应用到每个频数表计算似然值的步骤包括:应用对数线性模型到基因i的频数表计算模型(S+R)*C*G的似然值, 加号代表变量间的加和效应,而星号代表变量间的加和效应和交互效应。
2.根据权利要求1所述的一种大样本高通量生物数据关联分析方法,其特征在于,所述排序似然值得到跟表型差异最相关联的基因的步骤包括: 所有的基因重复前两个步骤,降序排列所有基因的似然值得分。
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