[发明专利]与猪脂肪沉积相关的SNP分子标记及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及一种基因型检测方法，具体的，涉及一种与猪脂肪沉积相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

脂肪是动物肌体的主要成分之一，是维持正常生命活动所必须的物质，也是影响猪胴体品质和肉质风味的重要因素。中国地方猪种多为高脂肪，称为脂肪型猪；引入猪种的瘦肉率高，称为瘦肉型猪。猪种胴体脂肪组成的遗传差异涉及基因繁多，基因调控复杂，一直是遗传育种领域研究的难题之一。人体内脂肪组织过多沉积带来的2型糖尿病、肥胖症、脂肪性肝病、高血压、血脂紊乱、动脉粥样硬化等代谢性疾病正威胁着人类的健康。因此，脂肪代谢调控已成为人类医学的研究新热点。

脂肪代谢包括脂肪合成代谢和脂肪分解代谢，二者的平衡决定脂肪沉积。目前在猪脂肪沉积和肉质性状的遗传机制方面，能够明确的主效基因有氟烷基因(Hal)和酸肉基因(RN)。人们采用候选基因法筛查了一些与猪胴体性状相关的脂肪代谢过程中的酶基因、激素及受体基因、细胞因子和结合蛋白基因等，但随着效应显著性检测的基因型和QTLs的增多，主效基因的实际鉴别、调控途径及其应用愈显复杂，实质性进展甚微。但目前，在猪分子育种实践中仍然缺少功能明确、效应显著的主效基因和分子标记。

近年来发现的一种肌肉因子Ⅲ型纤连蛋白结构域5(FNDC5)具有诱导白色脂肪组织向类褐色脂肪发育的功能，增加能量消耗，改善肥胖和胰岛素抗性，是影响脂肪沉积的重要候选基因。目前，对FNDC5基因的研究仅见人和小鼠，发现其对细胞分化、能量代谢等方面具有重要的调节作用，可以降低高脂日粮小鼠的肥胖。

因此有必要对FNDC5进行深入的研究，获得不同类型猪群体间FNDC5基因差异的SNP位点，为进一步研究和了解猪脂肪沉积性状提供帮助。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与猪脂肪沉积相关的SNP分子标记及其应用。

本发明的另一目的在于提供检测所述SNP分子标记的引物和试剂盒。

本发明的第三个目的在于提供鉴定猪脂肪沉积性状的方法。

本发明通过对不同类型猪群体基因型进行研究，提供了一种与猪脂肪沉积相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于猪FNDC5基因5’侧翼区起始密码子上游第931bp处，记为A-931G。

本发明提供了上述SNP分子标记在鉴定猪脂肪沉积基因型中的应用。

其中，当猪FNDC5基因5’侧翼区起始密码子上游第931bp处为GG基因型时，表明个体具有高脂肪沉积性状；为AG型时具有中等脂肪沉积性状；为AA型时具有低脂肪沉积性状。

进一步的，提供了所述SNP分子标记在猪育种中的应用。

本发明提供了用于检测本发明所述SNP分子标记的引物对，所述引物对的核苷酸序列为：

正向引物F：5'-ACCTGACCTCCAGCTCTCAAAG-3'

反向引物R：5'-GCAGTGATGGGGATGATGG-3'。

本发明还提供了含有上述引物对的试剂盒。

本发明提供了一种检测所述SNP分子标记的方法，所述方法包括：以猪基因组DNA为模板利用本发明所述的引物对进行PCR扩增获得PCR产物；对所述PCR产物进行测序。

其中，PCR反应体系为：2×PCR Mix用量为PCR扩增反应体系体积的一半即10μl，100ng待检测猪基因组DNA，10μmol/L正向、反向引物量各0.5μl，最后用dd H₂O补充至20μl。

PCR反应条件为：94-95℃预变性5min；进行如下循环36个：94-95℃预变性30s,60℃退火30s，72℃延伸40s；72℃延伸7min,即得到PCR产物。

本发明提供了一种鉴定猪脂肪沉积性状的方法，包括以下步骤：

步骤一：以猪基因组DNA为模板利用权利要求5所述的引物对进行PCR扩增获得PCR产物；

步骤二：对PCR产物进行测序，当所述PCR产物606bp处为GG基因型时，为高脂肪沉积性状；为AG基因型时为中等脂肪沉积性状；为AA基因型时为低脂肪沉积性状。

其中，PCR反应体系为：2×PCR Mix用量为PCR扩增反应体系体积的一半即10μl，100ng待检测猪基因组DNA，10μmol/L正向、反向引物量各0.5μl，最后用dd H2O补充至20μl。