[发明专利]一种扩增天津尖丽蚌F型线粒体基因组序列的方法

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，涉及基因组序列的扩增方法。

技术背景

天津尖丽蚌(Aculamprotula tientsinensis)隶属于软体动物门、瓣鳃纲、蚌目、蚌科、尖丽蚌属，生活在在泥沙底，水质清净的河流及湖泊的流水环境中，主要集中分布于我国长江流域中、下游地区，特别是在洞庭湖及都阳湖，以及与其相通的河流内。贝壳呈斜椭圆形，质厚而坚硬，膨胀；左右两壳微不相等，壳顶位于最前端，向前突出井稍向内弯曲，背缘、后缘和腹缘相连成一完整的弧形，壳面光滑或具少数不显著凸出的瘤状结节，生长轮脉粗大，明显，背部有数条不甚明显的斜肋。壳面灰褐色，稍具光泽。铰合部发达，左壳具拟主齿和侧齿各二枚，右壳有拟主齿和侧齿各一枚，拟主齿强大，侧齿上有梳状齿棱，珍珠层瓷白色。

蚌类具有很大的经济价值，如培育珍珠，发展我国的珍珠养殖业；提取抗肿瘤成分；许多贝壳较厚的种类可作为制造纽扣贝雕等工艺品的原料，一些贝壳闪亮的珍珠层可以用来制造各种精美的螺细、器皿和家具等；蚌类软体部分可供人们食用或作为饲料；淡水蚌对水环境中Cu、Zn和Cd有去除与积累的作用，吸收富集重金属，改良水质。蚌科动物是淡水贝类最大的一个科，包括674个物种，淡水蚌类是淡水生态系统中一类重要的水生生物，作为滤食者，能够通过滤食营养物质、有机物和浮游生物来改良水质，对水环境还有生物监测的作用。淡水蚌类在淡水生态系统中不可或缺，其生物量和密度往往都在底栖动物中占优势，对淡水生态系统有重要作用，如果淡水湖泊或者是河流中的淡水蚌类消失，将会引起一系列的生态问题。总而言之，淡水蚌类对淡水生态系统至关重要，对水体的水质、物质循环和能量流动作用巨大，且具有较高的营养、经济和生态价值。

发明内容

本发明的目的是提供一种快速扩增天津尖丽蚌F型线粒体基因组序列的方法。为了实现上述目的，本发明所解决的技术问题采用以下技术方案来实现。

本发明所述方法包括下列步骤：

(1)提取天津尖丽蚌的总DNA；

(2)利用保守引物分别对cox1、16SrRNA和nad1基因进行普通PCR扩增并测序；

(3)根据测序结果设计长片段引物进行LA-PCR扩增并测序；

(4)序列拼接；

(5)基因注释。

所述的长片段引物包括以下三对：

FTJND1-COIP1：CGCAGAAGGAGAATCAGAACT

FTJND1-COIP2：TGCTTAGGTGGATGGACGA

FTJ16S-NDIP1：AGCATCATAGTGCTGCCTTATA

FTJ16S-NDIP2：GGATTCCGATGATTCCTAACT

FTJCOI-16SP1：TACCAACACCCCTTTCCAC

FTJCOI-16SP2：TTTAGTAGCTCATAGCCATTCG。

本发明首次公开了天津尖丽蚌的线粒体基因组，也是首次公开了一种扩增天津尖丽蚌线粒体基因组序列的方法，可以为蚌科的线粒体基因组学研究和种质资源保护提供重要的基础材料。

线粒体基因组DNA是裸露的双链超螺旋共价闭合环状分子，少数为线状分子(如原生动物草履虫与四膜虫的mtDNA)，是真核细胞的第二遗传信息系统，或称核外基因及其表达体系。相对于核DNA，mtDNA具有分子量小、多态性高、结构简单、碱基突变率高、母系遗传、进化速度快等特点，已被广泛应用于生理病理、临床诊断、遗传变异、分子标记、系统进化等多方面的研究，与线粒体和线粒体基因组相关的研究已成为临床医学、进化生物学、基因组学、生物信息学等生命科学领域的研究热点和前沿。

蚌科动物线粒体的遗传不单单是母系遗传，还存在线粒体基因组遗传的一种特例——双单亲遗传现象(Doubly-Uniparental Inheritance,DUI)。这种遗传方式使后代中雌性mtDN只来自母系(female-transmitted,F type)，与严格的母系遗传相似；而雄性的mtDNA来自双亲，在体细胞中存在F型mtDNA，在精巢中存在父系mtDNA(male-transmitted,M type)。