[发明专利]哺乳类实验动物SNP标记筛查的引物对及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及利用全基因组生物信息分析技术优势，并用PCR扩增及sanger测序验证引物对的方法开发出一套能用于哺乳类实验动物SNP标记筛查的引物对及其应用。

背景技术

目前国内生物医药产业迅猛发展，实验动物作为生物医药产业的重要支撑条件，动物质量标准化尤其遗传质量的标准化将直接影响生物医药的研发水平。但因为缺乏统一的、标准化的遗传质量控制标准，实验动物的遗传质量监控也渐渐成为其生产应用中较突出的问题。而实验动物遗传质量监测的技术瓶颈是如何筛查到有效的遗传标记以及所筛选到的遗传标记是否受到国际认可。

目前，我国实验动物遗传监测主要推行国家标准(GB 14923-2010)，主要采取形态学(毛色基因测试法)、数量遗传学(下颌骨测定法)、免疫标记基因检测法(皮肤移植法)以及生化标记基因检测法等。但随着实验动物科学和分子生物学的飞速发展，新品系实验动物不断产生，这些传统的检测方法，手段落后，假阳性较高，评价标准局限，已不能完全适应多种品系实验动物的遗传监测工作。虽然国内各实验室开辟微卫星DNA标记、RAPD遗传标记检测法等，但不同实验室和不同研究者所选位点不尽相同，而且缺乏一系列同一的评估指标，与实际应用还有一定的距离，至今尚无形成标准检测方法和判定标准。

实际上，关于遗传质量监测国际上也没有通用的标准，国外大多数实验动物相关机构基本都是根据实验室自己建立的标准或者参考著名实验室的标准进行监测。如Jackson实验室的遗传质量监测方法是表型加基因型的方式。表型监测主要包括毛色及其他异常性状(体型、体重、骨骼结构、行为、肿瘤等)，基因型检测主要参考Petkov等建立了近交系小鼠SNP数据库。SNP标记是继生化标记和RAPD遗传标记之后的第三代DNA分子标记。相比于目前先进的分子检测技术及国际同行的领先程度，我国的遗传监测标准有待改进，且刻不容缓。

目前实验动物遗传标记开发尚无统一标准，单个哺乳实验动物遗传标记的开发往往需要进行大量的前期筛查工作(如基因组测序、单个物种引物设计和常规测序等)，工作繁琐且成本投入大。

发明内容

为了克服现有技术的缺点与不足，本发明的目的在于提供一套适用于哺乳类实验动物SNP标记筛查的引物对。提供的引物对共30对；每对引物都能够在同样条件下扩增狗、猪、大鼠、小鼠、恒河猴和兔这些常见实验动物的基因组序列。且同一对引物扩增出的序列物种间都有差异。引物的应用可以加速哺乳类实验动物遗传检测的快速化和标准化。

本发明的另一目的在于提供所述的引物对的应用。

本发明的目的通过下述技术方案实现：

本发明首先对狗、猪、大鼠、小鼠、恒河猴和兔这六个物种的基因组做了比对，筛选出了同源性大于70％且小于100％、长度大于300bp的区域。为了设计引物，从这些区域中过滤掉完全连续同源区域小于17bp且完全同源区域个数小于2个的序区域。然后从这些同源区域中设计引物，要求一对引物能扩增出各个物种，且各个物种的序列存在一定差异。用设计的30对引物PCR扩增狗、猪、大鼠、小鼠、恒河猴和兔这六个物种的基因组序列，琼脂糖凝胶电泳确定成功扩增出序列，然后sanger测序，得到DNA片段序列。分析各物种扩增出的序列与原物种基因组序列一致性。

本发明的简化引物对可应用于哺乳类实验动物遗传标记的筛查，并加速实验动物遗传监测的标准化。本发明的创新在于目前还没查询到一对引物可以同时扩增以上6个物种，并且保证物种之间的序列有差异。

所述的引物对在辅助实验动物品系鉴定的遗传标记筛选中的应用。

所述的引物对在辅助实验动物封闭群遗传标记筛选或鉴定中的应用。

所述的引物对在制备试剂盒或检测方法中的应用；所述试剂盒或检测方法的用途为实验动物品系鉴定或物种鉴定。