[发明专利]一种基于合成单链DNA文库进化酶的方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种基于合成单链DNA文库进化酶的方法，属于基因工程技术领域。

背景技术

随着分子生物学技术和基因工程技术的发展，已有数千种类的天然酶基因被发现，由于酶介导的生物催化具有环境友好型，高效专一性和反应条件温和等优点，作为生催化的主导者，被广泛应用于复杂的药物、中间体、化合物的合成，甚至生物燃料的合成。合成生物和代谢工程中酶是核心的参与者，通过构建一系列的代谢合成途径，可以实现微生物代谢合成各种有机合成无法获得的复杂化合物，如芳烃、碳水化合物、有机酸、醇和其他次级代谢产物。然而，在大多数情况中，天然酶的性质的局限性，极大地限制了它在各种复杂条件下的使用。

自然界在遗传突变与自然选择的动态平衡过程中，进化出了非常精确且又高效的酶，然而自然选择的速度非常缓慢，需要漫长的时间。人们迫切需要对天然酶进行人工进化和改造，以期获得能够满足人们需求的功能更强大的新酶。在当今实验技术条件下，人们通过物理化学等方法，例如紫外、射线和亚硝酸盐等极大地提高了基因突变的频率，为人工快速进化基因提供了可能。然而，物理化学等方法造成的突变往往都是有害突变，且随机性较大，还无法满足大规模的进化需求。随着分子生物学技术的日趋成熟，从基因操作水平上直接对天然基因引入特定的或随机的突变位点已成为可能。随机突变方法是通过引进随机的碱基替换，进而筛选理想的突变体。例如易错PCR技术，是目前使用较广的基因进化方式之一，通过在体外聚合酶链反应(PCR)过程中随机引入突变点，高通量筛选有益进化的基因。经过多轮次操作后，可以获得酶学性质和功能发生明显变化的新酶。在此基础上发展起来的各种依赖PCR技术引入突变点进化基因的技术如定点突变、基因嵌合以及瞬时模板的随机嵌合等方法。然而，上述方法产生的突变点多样性少，产生的突变体也多为有害突变，工作量大而且效率极低。

1994年，一种的定向进化新技术DNA改组(DNA shuffling)悄然诞生，Stemmer在Nature发表了一篇题为Rapid evolution of a p rotein in vitro by DNA shuffling的文章，首次提出了DNA改组技术。研究者以β-内酰胺酶系统为试验对象，运用DNA改组，经过三轮筛选和两次回交得到一新菌株，其头孢噻肟(cefotaxime)的最低抑制浓度比原始菌株提高了16000倍，远高于错误倾向PCR的突变筛选结果。随后发展起来的各种以重组技术为基础的方法，以提高基因杂交的程度和筛选效率为目标，都获得了比较好的效果。然而，DNA shuffling技术对序列同源性的要求较高(同源性大于75％)且需要获取同源基因材料。这两个条件极大限制了DNA shuffling技术的应用，同时该技术产生的突变体往往有较多的移码突变体。

此外，当前合成生物学和代谢工程对合成途径的改造基本都注重在对合成途径基因的表达调控上，例如增强途径基因的表达，敲除或者抑制竞争途径，例如优化启动子或者核糖体结合位点，优化基因的密码子，改造途径基因的间隔调控区域等。另外，对合成途径中的酶进行改造也是非常有必要的，例如关键酶的限速问题、受产物或者底物反馈抑制。因为，如果仅仅加强表达水平，可能会导致细胞合成能力的浪费和细胞生长负担，而不能从根本上解决代谢途径流量平衡的问题。

本发明采用体外PCR重组技术为基础，通过人工合成单链DNA文库，采用PCR技术获得含有多样性极其丰富的突变文库，再采用体外重组技术构建突变筛选文库。此技术克服了上述随机突变多样性不足、DNA shuffling技术同源序列和同源基因材料的限制等因素，而且操作实施简单，易于获得丰富的突变体文库，为基因体外快速进化奠定了基础，同时，结合蛋白结构生物信息学和合成生物学，特别适合于酶基因和代谢合成途径的快速定向进化应用。当然，本发明同样适用于只有一个目标突变区域的情况。

发明内容