[发明专利]一种鉴别鸡饲料利用效率的分子检测方法及其应用和试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及鸡标记辅助选择技术领域，具体地说，是一种涉及用于鸡标记辅助选择的鸡饲料利用效率相关的一种分子标记鉴别方法及其应用和试剂盒。

背景技术

动物饲料成本几乎是任何动物生产系统的主要盈利决定因素。饲料大约占肉鸡生产成本的70％左右，因此提高饲料效率将减少肉鸡生长所要求的饲料采食量、生产成本和氮浪费。饲料利用效率，即动物采食饲料的利用能力包括了复杂的生物学过程及同环境的互作，为克服由于饲料采食量同动物的体型大小和生产水平高度相关因而使饲料效率高度复杂化的特性，以及阐明饲料采食量同生产系统效率的关系，先后发展出了相对生长率(Relative growth rate，RGR)、饲料转化率(Feed conversion ratio，FCR)、Kleiber比值、生长部分效率(Partial efficiency of growth，PEG)、剩余采食量(Residual feed intake，RFI)等，并反映出了饲料效率的数学和生物学的不同方面，其中FCR在过去得到了广泛应用，但FCR缺乏对采食量和体增重的遗传独立性，因而在不直接影响体重的情况下很难提高。然而RFI以能量采食和能量需求为基础，是一个更敏感和更精确度量饲料利用效率的性状。联合国粮农组织(FAO，2007)建议“以RFI为基础的选择方案作为提高内在效率的方法，这对所有的物种和所有的生产系统是一个重要的标准”。我们前期利用鸡高密度单核苷酸多态性芯片进行全基因组关联分析发现与鸡RFI密切相关的基因组区域，该基因组区域内的MIR1596基因附近的突变与RFI极显著相关。该基因是影响鸡RFI的候选基因，即也是影响鸡饲料利用效率的候选基因。但目前从遗传的角度来说，还没有建立有关MIR1596基因作为鸡饲料利用效率分子标记的检测方法，同时该基因作为鸡饲料利用效率分子标记辅助选择也未见应用。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术缺陷，提供了一种鸡饲料利用效率相关的分子鉴别方法及其应用和试剂盒。

本发明通过克隆与鸡饲料利用效率相关microRNA miR-1596的前体基因MIR1596以及其上下游基因组序列，寻找该基因及其调控区的突变位点以及相应的多态性检测方法，通过性状关联分析的应用，为鸡的标记辅助选择提供有用的分子标记。

本发明克隆得到与鸡饲料利用效率相关miR-1596的前体基因MIR1596序列以及3'和5'侧翼区基因组序列，如序列表SEQ ID NO：1所述，该序列全长为1228bp，包括该基因全部序列及部分调控区。所用的引物为：

MIR1596-F：5'-ATCACCCTCTGACTTGGC-3'，

MIR1596-R：5'-GTGAAGTGAGCGTTAGTTAG-3'。

本发明通过对上述克隆所获得的基因组片段分析，结果发现可作为鸡标记辅助选择应用的一种分子标记，这一种标记与鸡饲料利用效率指标RFI和FCR都相关。

分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1所示，在该序列的第158位碱基处有A/T碱基突变。该突变位点位于鸡MIR1596基因上游序列的95bp处，因此，为了方便表述，将标记的A/T突变命名为MIR1596.-95A>T。

本发明的第二个目的是提供了一种鸡饲料利用效率相关的分子鉴别方法。该鉴别方法如下，以如SEQ ID NO：1所示序列中的第158位碱基作为分子标记，检测所述第158位的碱基处A/T碱基突变。具体包括以下步骤：以鸡的DNA序列为模板，选择如下引物扩增：

M-promoter-F：5'-TGCGGCGAGGAGTTGGAC-3'，

M-promoter-R：5'-TGTAAAACGACGGCCAGTCAGGA

AACAGCTATGACCTAAATGACACACAAATCAAACCCAGA-3'；

将所得扩增产物用限制性内切酶BsaBI酶切，若只有一条带，则该突变位点处均为T碱基；若有两条带，则突变位点处均为A碱基；若有三条带，则说明该突变位点处一条链为A碱基，另一条链为T碱基。

本发明还提供了该方法在鸡饲料利用效率性状方面的分子标记辅助选择中的应用，特别是鸡饲料利用效率选择育种中的应用。