[发明专利]一种广谱灵活的检测人乳头瘤病毒基因型的方法

说明书

技术领域

本发明涉及检测和鉴定病原微生物制剂领域，特别涉及一种广谱灵活的检测人乳头瘤病毒基因型的方法。

背景技术

1983年德国病毒学家哈拉尔德·楚尔·豪森(Harald zur Hausen)首先发现人乳头瘤病毒(HPV)的一些型别与宫颈癌有关。该研究成果使宫颈癌成为目前唯一可以预防并早期发现,可以治愈的人类癌症。2003年世界卫生组织国际肿瘤研究机构(WHO_IARC)公布了由9个国家11个研究机构得出的分析报告，根据HPV不同型别与宫颈癌的关系，将被检出的30个HPV基因型分为三大类，其中15种致癌高危型：16，18，31，33，35，39，45，51，52，56，58，59，68，73，82(W13B/MM4亚型和IS39亚型)；3种可能致癌高危型：26，53，66；及12种低危型：6，11，40，42，43，44，54，61，70，72，81(CP8304)和CP6108。2009年WHO_IARC召集了16个国家的36位科学家对生物致癌物质进行了重新评估，并对引起宫颈癌的HPV基因型进行了相关性排序：第一位为HPV-16型，它的致癌危险性较其它任何一种高危型都更为严重，已知可在人体的某些部位引起癌症；第二位包括：18，31，33，35，39，45，51，52，56，58和59型，有充分证据引起宫颈癌；第三位为HPV-68型，为有限证据对人致癌和强机理证据致癌；第四位包括：26，53，66，67，70，73和82型，为有限证据导致宫颈癌；此外，根据系统发生树分类，对人类具有充分或有限证据致癌的型别还有：30,34,69,85和97型；最后，HPV-6和HPV-11型基于流行病学证据不足和无潜在致癌机理的基础上归类为不属于对人类致癌型。工作组专家亦同时提出：除了对上述引起宫颈癌的alpha属HPV高度关注外，还应对beta和gamma属的HPV作进一步研究。这些广泛传播的HPV基因型可能引起皮肤癌，特别是Beta属中HPV-5和HPV-8型为可能致癌型，有限证据表明对疣状表皮发育不良症患者可引起皮肤癌。

HPV属于乳头多瘤空泡病毒科(Papovaviridae)乳头瘤病毒属，是一类可感染表皮和粘膜鳞状上皮的小DNA病毒。其基因组为双链环状DNA，长约7900对碱基(bp)，含8个开放阅读框(open reading frames，ORFs)，依功能不同分3个区:(1)早期区(early region，E区):分别编码E1、E2、E4、E5、E6、E7等6个早期蛋白，参与病毒DNA的复制、转录、翻译调控和转化等功能。(2)晚期区(late region，L区):编码主要外壳蛋白L1和次要外壳蛋白L2。(3)非编码区(uncoding region，UCR)或上游调控区(URR):含有HPV基因组DNA的复制起点和HPV表达所必需的调控元件。

美国食品和药品管理局(FDA)目前批准的检测方法有：Qiagen HC II高危HPV检测和HC II低危HPV检测；Cervista HPV 16/18检测和Cervista高危HPV检测(Hologics)。HC II是第二代杂交捕获法(Hybrid Capture II)，1999年上市，可定性区分13种高危型(16/18/31/33/35/39/45/51/52/56/58/59/68)与5种低危型(6/11/42/43/44)，但不能分型。Cervista应用恒温酶DNA扩增和荧光发光判读法，2009年上市，可定性检测14种高危型(与HC II相比增加了66型)，除16/18可以另外检测，也不能具体分型。2011年FDA首次批准cobas HPV 16/18分型检测，2014年罗氏公司补充申报31，33，35，39，45，51，52，56，58，59，66和68型，其方法总共可分型检测14个高危型，FDA批准用于宫颈癌一线初级筛查。此外，罗氏Linear Array HPV基因分型法，采用PCR扩增靶向DNA和核酸杂交检测37个HPV基因型[6,11,16,18,26,31,33,35,39,40,42,45,51,52,53,54,55,56,58,59,61,62,64,66,67,68,69,70,71,72,73(MM9),81,82(MM4),83(MM7),84(MM8),IS39 and CP6108，可以用于美国以外的国家。