[发明专利]一种检测污水中亚硝酸盐氧化菌群落结构和丰度的方法

权利要求书

1.一种检测污水中亚硝酸盐氧化菌群落结构和丰度的方法，其特征在于，具体步骤如下：

a)提取污水中活性污泥的全部基因组DNA；

b)以全部基因组DNA为模板，以上游引物序列SEQ ID No.1和下游引物序列SEQ ID No.2进行nxrA基因PCR扩增；

以全部基因组DNA为模板，以上游引物序列SEQ ID No.3下游引物序列SEQ ID No.4进行nxrB基因PCR扩增；

c)以罗氏454焦磷酸测序法分别nxrA基因PCR扩增产物和nxrB基因PCR扩增产物进行测序；

d）采用Mothur软件分别对nxrA基因PCR扩增产物测序结果和nxrB基因PCR扩增产物测序结果划分操作分类单元；

e）选取具有97%相似度的操作分类单元序列与GenBank进行BLASTn比对，根据BLASTn比对结果，选择相似度＞95%的序列，利用MEGA软件分别对nxrA基因和nxrB基因划分系统进化树，即为污水中亚硝酸盐氧化菌的群落结构；

nxrA基因和nxrB基因的不同操作分类单元的相对丰度即为污水中亚硝酸盐氧化菌的丰度。

2.根据权利要求1所述检测污水中亚硝酸盐氧化菌群落结构和丰度的方法，其特征在于，步骤b所述nxrA基因PCR扩增是指：

反应体系：10×buffer 3μL，25mmol/L的MgCl₂1.8μL，5U/μL的Taq酶 0.2 μL，10mM的dTNP1.4μL，浓度均为10mM的正向引物SEQ ID No.1和反向引物SEQ ID No.2各0.3μL，20ng/μL的DNA模板2μL，无菌双蒸水补足至30μL；

反应条件：94℃下变性10min；94℃ 30s，55℃退火45s，72℃延伸45s，循环35次；72℃下延伸5min。

3.根据权利要求1所述检测污水中亚硝酸盐氧化菌群落结构和丰度的方法，其特征在于，步骤b所述nxrB基因PCR扩增是指：

反应体系：10×buffer 3μL，25mmol/L的MgCl₂1.8μL，浓度为5U/μL的Taq酶 0.2 μL，10mM的dTNP1.4μL，浓度均为10mM正向引物SEQ ID No.3和反向引物SEQ ID No.4各0.3μL，20ng/μL的DNA模板2μL，无菌双蒸水补足至30μL；

反应条件为：4℃下变性910min；94℃ 30s，50℃-58℃退火45s，72℃延伸1min，循环35次；72℃下延伸5min。