[发明专利]一种食道癌易感基因位点高效分子分型的检测试剂盒

说明书

技术领域

本发明属于基因检测技术领域，具体为一种食管癌易感基因位点高效分子分型的检测试剂盒。

背景技术

食管癌是世界第八大最常见的肿瘤，分布呈现明显的区域性；中国有六大食管癌高发区,其中河南林州市和潮汕南澳岛发病率最高，严重危害当地人群的生命健康安全，如何筛查易感个体进行早期预防干预已成为当地亟待解决的社会公共卫生问题。

随着高通量SNP检测芯片的飞速发展，食管癌大规模关联研究近年大量涌现，报道了一批散发食管癌易感基因和位点；本课题组致力于家族性食管癌易感基因定位研究十余年，已发现多个家族性食管癌易感基因位点；为家族性和散发性食管癌易感个体筛查奠定了坚实的基础。

Sequenom MassArray系统是一个高性能的DNA分析平台，具有通量、准确性、灵敏度、可重复性和成本效益的综合优势，特别适用于检测几十个DNA位点的人群筛查项目。

发明内容

基于18个食管癌易感基因上的 18个位点可用来评估个体对食管癌易感性的基础上，本发明提供一种食管癌易感基因位点高效分子分型的检测试剂盒。

一种食管癌易感基因位点高效分子分型的检测试剂盒，包括：

PCR扩增引物；

PCR延伸引物；

PCR混合缓冲液（PCR Buffer Mix）；

PCR酶（PCR Enzyme）；

SAP酶（SAP Enzyme）；

延伸酶（Extend Enzyme）；

延伸混合缓冲液（Extend Buffer Mix）；

其特征在于：所述的PCR扩增引物和PCR延伸引物针对18个食管癌易感基因位点而设计，基于Sequenom MassArray系统，能对这18个位点高效精确分型。具体如表1所示：

表1食管癌易感基因Sequenom质谱飞行平台分子分型PCR引物和延伸引物

本试剂盒中所述的一种食管癌易感基因位点高效分子分型的检测试剂盒，其特征在于：所述的引物混合物PCR产物一般在80-120bp；延伸引物3’端设计在SNP位点毗邻处，引物大小一般15-30bp，分子量4500 - 8000 Da，Tm 45°C - 60°C。

本试剂盒中所述的一种食管癌易感基因位点高效分子分型的检测试剂盒，其特征在于：所述的PCR扩增引物和PCR延伸引物在同一孔内与样品DNA发生反应，一次性检测18个位点判断易感性。

本发明的有益效果是：

本试剂盒基于Sequenom MassArray高通量基因分型系统，对已发现的家族性食管癌易感位点和大规模关联研究报道的散发性食管癌易感位点进行有效组合，设计了特异性PCR引物和延伸引物，可以在同一孔实现18个食管癌易感基因位点的高效精确检测，具有良好的食管癌高发区易感人群筛查前景。

附图说明

图1为Sequenom MassArray芯片扫描GPX3_rs2042235分型聚类图；

图2为Sequenom MassArray芯片扫描ADH1B_rs1042026，ALDH2_rs671，ATP1B2_rs1642764，PLCE1_rs2274223，SLC39A6_rs1050631，TMEM173_rs7447927位点分型聚类图；

图3为食管癌易感基因位点分子分型频率及其与易感性关系；

图4为食管癌大家系发现易感基因杂合性突变。

具体实施方式：

下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，或按照厂商所建议的条件。

本试剂盒是先通过用基因组DNA提取试剂盒提取外周血DNA，再用琼脂糖凝胶电泳检测DNA并对DNA定量，最后应用MassARRAY时间飞行质谱生物芯片系统（Sequenom Inc.）iPLEX Gold模块进行SNP分型构建的，该方法具体步骤如下：

①全基因组DNA提取

(1) 吸取20 μl蛋白酶K溶液至1.5ml EP管；

(2) 吸取200 μl全血至同一 EP管；

(3) 吸取200 μl细胞裂解液AL至同一 EP管，涡旋混匀15秒；

(4) 56℃水浴10分钟，其间颠倒混匀1次；

(5) 短暂离心数秒以甩下离心管壁水雾；