[发明专利]基于SSR基因型生成果树SSR分子身份证号码的方法

说明书

技术领域

本发明涉及分子生物学的分子标记领域，具体提供了一种基于SSR基因型生成果树SSR分子身份证号码的方法。

背景技术

近些年来，果树科研与产业获得了快速发展，新品种选育推广速度加快，大量优良的果树品种被应用于生产。建立一套简便、快速、可靠的果树品种分子鉴别系统，用于育种和推广环节的品种鉴定，对于提高育种效率，加速育种进程，维护育种者和生产者的利益，保障果树产业健康发展，具有重要而现实的意义。

SSR也称微卫星、短串联重复(STR)，是由长度为1—6个碱基的基元，串联重复而成的，广泛分布于基因组中。SSR是基因组中变异最为迅速的序列，其串联重复数的突变率很高，从而产生了很多等位基因，形成了SSR的高度多态性。SSR标记是基于PCR扩增的分子标记，较之基于分子杂交的RFLP标记和基于酶切位点的AFLP标记要简单、方便地多。与RAPD和AFLP的随机引物标记不同的是，SSR标记呈共显性，引物由待检物种的基因组序列开发而来，物种特异性强，不易受内生及外源微生物基因组的影响，结果准确可靠，较少的引物组合可达到较高的检测精度。正是基于这些优点，国际植物品种权保护组织(UPOV)于2007年将SSR与最新发展的SNP标记一起确定为构建DNA指纹数据库和品种DUS测试的标记方法。

指纹图谱技术是利用DNA标记构建品种分子鉴别系统的常规方法，但是将品种指纹数据图形化的指纹图谱展示形式并不利于品种间指纹信息的比较。分子身份证技术将品种指纹数据或指纹图谱数据化成分子身份证号码码，其数字形式更利于品种指纹信息的分析和比较。目前，果树分子身份证体系建设还处于起步阶段，鉴于果树科研与产业快速发展的现状，建立果树SSR分子身份证体系具有重要的技术和现实意义。

发明内容

为了克服现有技术的不足，本发明提供了一种基于SSR基因型生成果树SSR分子身份证号码码的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：筛选用于果树品种扩增的SSR引物，对果树品种进行PCR扩增；PCR扩增产物经电泳检测后，统计果树品种在各SSR位点的基因型，对各SSR位点的所有基因型按升序排列后赋值，没有扩增产物的“零基因型”记为00，其余按顺序从01向99编号，再以此为标准将各品种在各SSR位点的基因型编号按预定的 SSR位点顺序进行串联，从而形成果树品种SSR分子身份证号码码。

其中，统计果树品种在各SSR位点的基因型具体为：按照“第一分子量/第二分子量”的格式，统计果树品种在各SSR位点的基因型。

其中，为每个SSR位点设置2位字符编码，具体为：如果是没有PCR扩增产物，则为“零基因型”，该“零基因型”用“-”表示，赋值为“00”，其余基因型按照升序方式依次从01向99赋值。

其中，为每个SSR位点设置2位字符编码，还包括：当00～99共100个编号用完后，还可以引入字母从aa向zz增加编号676个。

其中，第一分子量小于等于所述第二分子量，当基因型纯合时，第一分子量等于第二分子量，当基因型杂合时，第一分子量小于第二分子量。

其中，第二分子量大于等于所述第一分子量。

本发明提供的基于SSR基因型生成SSR分子身份证的方法，充分考虑到了选择、突变、漂变等因素造成的各SSR位点等位基因频率的差异，释放出了常用编号方法本身无法利用和赋予低频率等位基因或稀有等位基因的过多的编号资源。

具体实施方式

以下将结合具体实施例对本发明作进一步详细说明。

应当注意的是，下述实施例中描述的技术特征或者技术特征的组合不应当被认为是孤立的，它们可以被相互组合从而达到更好的技术效果。

实施例1以梨树为例进一步阐述本发明。