[发明专利]肺炎链球菌的检测

说明书

本发明基于样品中肺炎链球菌的检测方法，其允许特异性地区分肺炎链球菌与链球菌属的其他种。此外，本发明涉及(i)试剂盒，其包含在其中设置本发明的探针的微阵列；(ii)探针组本身；(iii)微阵列，其包含探针组；和(iv)以上方法、试剂盒、探针组、和微阵列用于检测样品中肺炎链球菌的用途。

发明背景

肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)是脓毒症(sepsis)的致病剂，并且能够特异性检测其在血液中的存在将会是方便的。肺炎链球菌还是社区获得性肺炎(community-acquired pneumonia)的主要成因。非常重要的是，能够区分肺炎链球菌与链球菌族群的其他成员，从而确定样品中存在的任何链球菌是否实际上对应于致病肺炎链球菌种，或对应于宿主中组成性地存在的不引起疾病的其他无害链球菌种。

已经进行了许多尝试以检测肺炎链球菌并且将其与链球菌族群的其他成员区分(Wessels等人，J.Clin.Microbiol.2012年4月，第50卷，第4期，1171-1177)。这些包括培养物测试和常规生物化学和表型测试，如革兰氏染色形态、奥普托欣敏感性、菌落形态、和羊血琼脂上的α-溶血。所使用的另外的技术包括：MALDI-TOF(MS基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight massspectrometry))、若干基因的序列分析、和包括实时PCR测定在内的分子测定。然而，归因于不同种之间的高度序列相似性，这些技术中的大多数不能将肺炎链球菌与链球菌族群的其他成员区分。其他技术包括用于检测链球菌属细菌的基于基因rpoB区域的扩增的分子方法。在EP 1558637和EP 1694861中提供了这种方法的两个具体实例。

EP 1558637利用rpoB基因的724bp片段(在WO 2004/041841中显示为SEQ ID)，用于检测可能存在于样品中的链球菌属细菌。可以通过指定片段的扩增来进行这样的检测。然而，没有为链球菌属的不同种的特异性检测提供特定的探针。

在EP1694861中，利用对于所有链球菌属的种常见的一对引物扩增rpoB基因的片段。从而得到扩增产物，而如在以上EP 1558637中的，与可以存在于样品中的特定种无关。在本情况中，提供了探针，其预期用于肺炎链球菌和酿脓链球菌(Streptococcuspyogenes)的特异性检测(相应WO 2005/059156的表3)。然而，一些探针之间的最小序列差异可以证实以下是困难的：这样的探针可以实际上用于它们靶向的两种不同链球菌种的特异性检测(例如：SEQ ID和SEQ ID的探针，分别对应于酿脓链球菌和肺炎链球菌，仅有两个核苷酸的差异)。没有提供对应于链球菌属的其他种的其他探针。

考虑到以上信息，需要提供基于探针杂交的用于相对于链球菌属的其他种特异性检测肺炎链球菌的有效方法。换句话说，非常理想的是提供允许差异检测样品中存在的肺炎链球菌的的方法，即与链球菌属的其他种相区别的肺炎链球菌的特异性检测。

发明概述

本发明要解决的问题是提供用于检测样品中存在的肺炎链球菌的方法，其允许特异性地区分肺炎链球菌与链球菌属的其他种。

解决方案基于同时使用包含SEQ ID和SEQ ID(参见以下表1)或由其组成的探针以检测样品中肺炎链球菌的存在。在一个实施方案中，探针由SEQ ID或SEQ ID组成。