[发明专利]用于生成对抗细胞表面抗原的结合剂的方法和组合物

说明书

本发明提供了用于识别结合多肽(例如抗体或其抗原结合片段)的方法和组合物，其中所述的结合多肽特异性地结合细胞表面抗原。本发明的方法总体而言包括将结合多肽的多样的核酸展示文库与细胞外部表面上的细胞表面抗原接触；以及由所述的文库分离至少一种文库的成员，该成员特异性地结合所述的细胞的外部表面上的细胞表面抗原。本发明还提供了用于本发明的方法中的新的核酸展示文库(例如DNA展示文库)。

相关申请

本申请要求2013年9月23日提交的美国临时申请No.61/881,203的优先权，该申请的内容以引用方式全部并入本文。

背景技术

结合多肽(例如抗体及其片段)作为治疗剂和诊断剂在商业上是重要的。用于结合多肽的传统的筛选方法通常使用可溶性的抗原。然而，对于某些细胞表面抗原而言，当该抗原由原生质膜上溶解时，在这些抗原上的构象表位改变，从而导致不能生成可以识别天然抗原的结合多肽。因此，本领域需要用于结合多肽的新的筛选方法，其中所述的结合多肽在它们的天然构象下可以特异性地结合细胞表面抗原。

发明概述

本发明提供了用于识别特异性结合细胞表面多肽的结合多肽(例如抗体或其抗原结合片段)的方法和组合物。本发明的方法总体而言包括将结合多肽的多样的核酸展示文库与细胞外部表面上展示的细胞表面抗原接触；以及由所述的文库分离至少一种文库的成员，该成员与细胞外部表面上的细胞表面抗原特异性地结合。本发明的方法和组合物是特别有利的，原因在于它们允许快速地识别与天然形式的靶细胞表面抗原结合的结合多肽，以及具有新的表位特异性和功能性质(例如内化、激动、拮抗或变构调控性质)的结合多肽。这些方法和组合物还允许识别新的治疗用途的细胞类型特异性抗原或表位。本发明还提供了新的V-结构域(例如VH和/或VL结构域)核酸展示文库(例如DNA展示文库)，其可以用于筛选新的结合多肽。

附图简述

图1为示例性DNA展示组合物和筛选方法的示意图。

图2为示例性DNA展示组合物和筛选方法的示意图。

图3为在本发明的方法中使用的示例性靶细胞筛选策略的示意图。

图4为在本发明的方法中使用的示例性平行选择和深度测序策略的示意图。

图5为在本发明的方法中使用的示例性平行选择和深度测序策略的示意图。

图6为在本发明的方法中使用的示例性平行选择和深度测序策略的示意图。

图7为在本发明的方法中使用的示例性平行选择策略和深度测序分析的结果的示意图。

图8描绘了显示使用本发明的方法选择的高亲和性VH分子的FACS基结合测试结果的示意图。

图9描绘了显示使用本发明的方法选择的VH分子的差异结合的图。

图10描述了显示使用本发明的方法选择的VH分子的差异结合的图。

图11为在本发明的方法中使用的示例性平行筛选和深度测序策略的示意图，其中具有平行功能选择压力的多轮活细胞选择用于富集与特异性细胞表面蛋白质结合并调控该蛋白质的抗体。所选的集合经bar-标记并进行深度测序。由平行选择得到的富集序列的比较生物信息学分析允许识别具有与前导标准(lead criteria)匹配的选择和活性。

图12描绘了使用本文公开的方法来识别抗-胰高血糖素受体(GCGR)VH结构域的示例性平行筛选策略的结果。由活细胞GCGR(B类GPCR)选择得到的富集的集合经过结合和功能测试，包括(逆时针)竞争性结合、cAMP、无标记粘附、细胞内化和b-抑制蛋白测试。分离出一组多样的调控活性的抗-GCGR VH结构域，其通过多种不同的作用机制而展现出不同的功能活性。