[发明专利]多适配子靶标检测

说明书

相关申请案

本申请案依据美国法典第35篇第119条(e)款(35U.S.C.§119(e)) 要求2013年9月24日提交的美国临时申请案序列号61/881,629的优 先权。这些参考文献中的每一篇均通过引用整体并入本文。

领域

本公开总体上涉及核酸配体领域，更具体地，涉及基于适配子对 的靶标检测；包含适配子对和靶标的组合物；及制备和使用此类组合 物的方法。

2014年9月24日创建的标题为“sequenceListing.txt”，大小为2kb 的序列表通过引用整体并入本文。

背景

蛋白质诊断法具有广泛的临床应用并且用于测定蛋白质组学标 记或疾病特异性生物标志物。这些诊断法通常需要多对分析物特异性 试剂以捕获和检测所需靶标(例如，蛋白质)。抗体已经广泛地用作诊 断试剂；然而其可能难以以足够的质量和数量获得，并且在试验多种 靶标时仅允许有限的复用。进一步地，由于其固有交叉反应性和非通 用的测定条件，其在用于复用或高含量蛋白质组学应用的阵列上有 限。

与抗体相反，基于核酸的配体具有几个优于抗体的优点，包括低 分子量、热和干燥稳定性、可逆性复性、易于生产和成本更低。然而， 至今仅存在由两个不同适配子结合的分析物的几个实例。例如，已经 描述了用于凝血酶的纤维蛋白原识别和肝素结合外位点(exosite)的分 离DNA适配子，并且这两种适配子，TBA1(15聚体)和TBA2(29聚 体)，由与凝血酶上离散的正电性表面结合的G-四链体基序组成。已 经开发了具有TBA1和TBA2的夹心测定法用于潜在凝血酶监测，包 括适配子微阵列和荧光传感平台。另一实例为整联蛋白α_Vβ₃，对其而 言已经用α_Vβ₃或α_IIbβ₃经由连续选择生成了α_V或β₃亚基的RNA适配 子。还已报道了TATA结合蛋白(TBP)、朊病毒蛋白(PrP)和VEGF-165 的适配子对。用于检测蛋白质靶标的适配子对的数量有限很可能是适 配子倾向与将最佳配体推动到公共表面的主要为阴离子型的表位结 合的结果。因此，总体上一直需要特殊选择方法来促使对非重叠表位 的选择。

因此，仍然需要以改进的、有成本效益且有效的方式检测靶蛋白 的可选组合物和方法。本公开通过提供包含在其5-位经修饰的脱氧尿 苷残基的，用于蛋白质检测的慢解离率(slowoff-rate)适配子 (SOMAmer)试剂对的新型组合满足了此类需要，与常规适配子相比这 既扩大了蛋白质靶标的范围又改善了结合性质。

概述

本公开描述了一种包含第一适配子、第二适配子和靶标的组合 物，其中所述第一适配子包含第一C-5嘧啶修饰方案，所述第二适配 子包含第二C-5嘧啶修饰方案，并且其中所述第一C-5嘧啶修饰方案 和所述第二C-5嘧啶修饰方案不同；并且其中所述第一适配子、第二 适配子和所述靶标能够形成三元复合物。

在本公开的另一方面，所述第一适配子对所述靶标而非所述第二 适配子具有结合亲和力。

在本公开的另一方面，所述第二适配子对所述靶标而非所述第一 适配子具有结合亲和力。

另一方面，所述第二适配子对通过所述第一适配子与所述靶标的 缔合而形成的复合物具有结合亲和力。

另一方面，所述靶标的第一适配子结合区域和所述靶标的第二适 配子结合区域为不同区域。在一个相关方面，所述第一适配子和所述 第二适配子在所述靶标上具有非竞争性结合位点。

另一方面，所述第一适配子和所述第二适配子独立地包含RNA、 DNA或其组合。