[发明专利]用于鉴别受试者的癌症风险的组合物和方法

说明书

相关申请的交叉引用

本申请要求2013年7月31日提交的美国临时申请号61/860,669、及2014年6月7日 提交的美国临时申请号62/009,175、及2014年7月8日提交的美国临时申请号62/021,998的 优先权权益，这些专利中的每个以引用的方式整体并入本文。

政府资助的声明

本发明在国立卫生研究院(theNationalInstitutesofHealth)授予的政府资 助号R01CA118584和RO3CA107828的支持下完成。本发明还在佛罗里达卫生部(Florida DepartmentofHealth)授予的Bankhead-Coley号10BG02的支持下完成。政府对本发明享 有某些权利。

背景

头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)是一种差异明显的虚弱的致命性疾病，黑种人的死亡 率是白种人的两倍。男性比女性更为常见(CancerFactsandFigures-2013.Atlanta: AmericanCancerSociety,2013)。HNSCC占据了几乎90％的涉及上呼吸消化道(UADT)的癌 症(Muir等人Upperaerodigestivetractcancers.Cancer增刊(1995)75:147-53)。每年， 该疾病影响美国50,000人口而在全世界影响600,000人口。存活率不佳，因为大部分患者发 现于晚期，治愈率低至30％(Vokes等人Headandneckcancer.NEnglJMed(1993)328: 184-94)。如果早期检测的话，那么该疾病可以在当时治愈80-90％(Markopoulos等人 SalivaryMarkersforOralCancerDetection.OpenDentJ.(2010)4:172–178)。

许多当前的HNSCC生物标记物研究使用“组学(omics)”方法来使用病例-对照研究 设计从大的潜在标记物池中鉴别几个候选标记物(Shankar等人Trendsinsalivary diagnostics-a5-yearreviewoforaloncology2007-2011.OralOncol(2012)48: e22-3；Li等人Salivarytranscriptomediagnosticsfororalcancerdetection.Clin CancerRes(2004)10:8442-8450；Park等人SalivarymicroRNA:discovery, characterization,andclinicalutilityfororalcancerdetection,ClinCancer Res(2009)15:5473-5477；Hu等人ClinCancerRes(2008)14:6246-6252；Carvalho等人 Evaluationofpromoterhypermethylationdetectioninbodyfluidsasa screening/diagnosistoolforheadandnecksquamouscell carcinoma.ClinCancerRes(2008)14:97-107；Elashoff等人Prevalidationofsalivary biomarkersfororalcancerdetection.CancerEpidemiolBiomarkersPrev(2012)21 (4):664-72)。当进一步测试时，标记物通常未能同样奏效。例如，甲基化标记物组得到35- 85％的灵敏度和30-90％的特异性(Carvalho等人Evaluationofpromoter hypermethylationdetectioninbodyfluidsasascreening/diagnosistoolfor headandnecksquamouscellcarcinoma.ClinCancerRes(2008)14:97-107)，而mRNA 标记物组得到45-79％的灵敏度和72-77％的特异性(ElashoffD等人Prevalidationof salivarybiomarkersfororalcancerdetection.CancerEpidemiolBiomarkers Prev(2012)21(4):664-72)。