[发明专利]筛选靶向靶生物实体的候选生物实体的方法

说明书

本文描述了对筛选靶向靶生化实体的候选生化实体有用的方法，以及对鉴别针对靶生化实体的结合部分有用的方法。本发明提供了筛选靶向靶生物分子的候选药物的方法，其包括根据第一信号与第二信号之间的信号差异选择候选药物。该信号差异指示体内或体外药理学性质的差异。所述第一信号在通过使靶生物分子与第一候选物接触而使靶生物分子与第一候选物结合时产生，而所述第二信号在通过使靶生物分子与第二候选物接触而使靶生物分子与第二候选物结合时产生。

交叉引用

本申请要求于2013年6月13日提交的美国临时申请号61/834,782的权益，该临时申请通过引用全文并入本文。

发明背景

基因组学中的高通量技术和生物筛选、组合化学以及计算机技术已经彻底革新了发现药物以治疗疾病的工作。但是，科学家在寻找有效药物时仍必须在庞大数量的潜在候选药物中进行筛选。

使用传统筛选技术来鉴定别构调节剂是一项艰巨的任务。在所有蛋白质中只有约15％在活性位点具有足够深的口袋(pocket)来比天然配体更紧密地支持抑制剂的结合。对靶标如酶的活性测定可以并已经用于鉴定别构调节剂，但作用机制可能是难以确定的，因为这些测定通常涉及多种蛋白质，并且调节剂的作用可能针对除感兴趣的靶标之外的其他蛋白质。这些调节剂的筛选包括从非竞争性抑制剂中分选竞争性抑制剂，然后从后一组中的非特异性调节剂(聚集剂、高化学计量的结合剂等)中分选别构调节剂。

发明内容

本发明提供了筛选靶向靶生物分子的候选药物的方法，其包括根据第一信号与第二信号之间的信号差异选择候选药物。该信号差异指示体内或体外药理学性质的差异。所述第一信号在通过使靶生物分子与第一候选物接触而使靶生物分子与第一候选物结合时产生，而所述第二信号在通过使靶生物分子与第二候选物接触而使靶生物分子与第二候选物结合时产生。采用表面选择性技术由二次谐波产生活性部分产生所述第一信号和所述第二信号。第一分子与第二分子具有相似的骨架核心，该骨架核心靶向靶生物分子中的结合位点。任选地，在选择步骤之前，所述方法还包括使靶生物分子与第一候选物接触，以在靶生物分子与第一候选物结合时检测第一信号；以及使靶生物分子与第二候选物接触，以在靶生物分子与第二候选物结合时检测第二信号。任选地，第一分子与第二分子具有相同的骨架核心，该骨架核心靶向靶生物分子中的结合位点。任选地，所述方法还包括产生第一信号与第二信号之间的信号差异。任选地，该信号差异为高于噪声水平1％或更多。任选地，该信号差异为高于噪声水平10％或更多。任选地，第二候选物是与期望的体内或体外药理学性质有关的参考分子。任选地，正信号差异表明体内或体外药理学性质的改善。任选地，负信号差异表明体内或体外药理学性质的改善。任选地，该信号是浓度归一化的。任选地，该信号可以是归一化的二次谐波产生强度。任选地，所述方法还包括在动物中筛选所选定的候选药物。

本发明还提供了筛选靶向靶生物分子的候选药物的方法，其包括根据信号选择候选药物，该信号是在靶生物分子与候选分子的结合复合物和与候选分子靶向相同结合位点的参考分子接触时产生的。该参考分子与体内或体外药理学性质有关。所述信号采用表面选择性技术由二次谐波产生活性部分产生。所述候选分子与所述参考分子具有相同或相似的骨架核心，该骨架核心靶向靶生物分子中的结合位点。任选地，在选择步骤之前，所述方法还包括：使靶生物分子与候选分子接触，其中该候选分子结合至靶生物分子中的结合位点，由此形成结合复合物；使该结合复合物与参考分子接触；以及检测该结合复合物与参考分子接触时的信号。任选地，高于噪声水平不超过1％的信号指示与参考分子相比相当的或增加的体内或体外药理学性质。任选地，高于噪声水平不超过10％的信号指示与参考分子相比相当的或增加的体内或体外药理学性质。任选地，该信号是浓度归一化的。任选地，该信号可以是归一化的二次谐波产生强度。任选地，所述方法还包括在动物中筛选所选定的候选药物。