[发明专利]用于在植物基因组内整合外源序列的方法和组合物

权利要求书

1.一种植物细胞，其包含针对该植物细胞中的内源基因的一个或多个等位基因的靶向基因组修饰，其中该基因组修饰在位点特异性核酸酶进行的切割后发生，并且其中该基因组修饰在该内源基因中产生突变，使得该内源基因产生导致除草剂耐受性植物细胞的产物。

2.权利要求1的植物细胞，其中该基因组修饰包括一个或多个外源序列的整合。

3.权利要求1的植物细胞，其中该基因组修饰包括引入一个或多个破坏所述内源基因表达的插入缺失。

4.权利要求1到3的任一项的植物细胞，其中所述具有基因组修饰的内源基因编码赋予对磺酰脲除草剂的耐受性的蛋白质。

5.权利要求1到3的植物细胞，其中所述具有基因组修饰的内源基因编码赋予对咪唑啉酮除草剂的耐受性的蛋白质。

6.权利要求2的植物细胞，其中该外源序列不编码转基因选择标记。

7.权利要求2的植物细胞，其中该外源序列编码选自下组的蛋白质：增加作物产量的蛋白质、编码抗病性的蛋白质、增加生长的蛋白质、编码抗虫性的蛋白质、编码除草剂耐受性的蛋白质、及其组合。

8.权利要求7的植物细胞，其中增加的作物产量包括增加的果实产量、籽粒产量、生物质、果肉含量、大小、干重、固形物含量、重量、颜色强度、颜色均匀性，改变的化学特征，或其组合。

9.权利要求1到8的任一项的植物细胞，其中所述内源基因为内源乙酰羟酸合酶(AHAS)基因。

10.权利要求2的植物细胞，其中两个或更多个外源序列整合到内源基因中。

11.权利要求1到10的任一项的植物细胞，其中所述植物细胞是多倍体植物细胞。

12.权利要求1到11的任一项的植物细胞，其中所述位点特异核酸酶包括锌指DNA结合结构域、和FokI切割结构域。

13.权利要求12的植物细胞，其中锌指DNA结合结构域编码结合于选自SEQIDNO:35-56和263-278的靶位点的蛋白质。

14.权利要求1到13的任一项的植物细胞，其中所述植物选自下组：小麦、大豆、玉米、马铃薯、苜蓿、水稻、大麦、向日葵、番茄、拟南芥、棉花、芸苔属物种、和梯牧草。

15.植物、植物部分、种子、或果实，其包含权利要求1到14任一项的一个或多个植物细胞。

16.权利要求1到14的任一项的植物细胞，进一步包括整合到植物细胞的基因组中不同于所述内源基因的一个或多个基因座处的一个或多个转基因。

17.一种产生根据权利要求1到16的任一项的植物细胞的方法，该方法包括：

在该植物细胞中表达一种或多种位点特异性核酸酶；和

修饰内源基因在多倍体植物细胞的多个基因组中的一个或多个等位基因。

18.权利要求17的方法，其中所述内源基因为乙酰羟酸合酶(AHAS)基因。

19.权利要求17或权利要求18的方法，其中该修饰破坏该内源基因的表达。

20.权利要求17的方法，其中该修饰包括一个或多个外源序列整合到所述内源基因的一个或多个等位基因中。

21.植物、植物部分、种子、或果实，其包含通过权利要求17到20任一项的方法产生的一个或多个植物细胞。

22.一种锌指蛋白，其结合选自SEQIDNO:35-56和263-278的靶位点。

23.权利要求22的锌指蛋白，其包含在表2或表12的单独一行中所示的识别螺旋区。