[发明专利]用于基因组组装及单体型定相的方法

权利要求书

1.一种用于基因组组装的方法，其包括：

获得多个重叠群；

获得重构染色质，所述重构染色质包含与分离的核蛋白复合的裸DNA；

从通过探测重构染色质的物理布局产生的数据中，生成多个读对；

将所述多个读对定位至所述多个重叠群，从而产生读段定位数据；

使用所述读段定位数据排列所述重叠群；以及

确定经过所述重叠群的路径，所述路径代表所述重叠群的次序和/或朝着基因组的方向。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个重叠群通过使用鸟枪测序法生成，所述鸟枪测序法包括：

使长段的受试者DNA断裂成大小不确定的随机片段；

用高通量测序法对所述片段进行测序，以生成多个测序读段；和

组装所述测序读段，以形成多个重叠群。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中通过使用包括下述步骤的技术，通过探测重构染色质的物理布局，生成所述多个读对：

使重构染色质与固定剂交联，以形成DNA-蛋白质交联物；

用一种或多种限制性内切酶切割交联的DNA-蛋白质，以生成含有粘性末端的多个DNA-蛋白质复合物；

用含有一种或多种标记物的核苷酸补平所述粘性末端，产生平末端随后使平末端连接在一起；

使所述多个DNA蛋白质复合物断裂为片段；

通过使用一种或多种标记物，拉下含有接点的片段；和

用高通量测序法对所述含有接点的片段进行测序，以生成多个读对。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个读对是通过探测重构染色质的物理布局生成的，所述重构染色质是通过将获自一个或多个受试者样本的裸DNA与分离的组蛋白复合形成的。

5.根据权利要求1所述的方法，其中对于所述多个读对，通过采用所述读段到所述重叠群边缘的距离的函数，加权至少80％的读对，体现短接触比长接触更高的概率。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法提供人类受试者的基因组组装，其中从人类受试者的DNA生成多个重叠群，而且其中通过使用由受试者裸DNA制得的重构染色质，生成多个读对。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法进一步包括：

识别所述多个读对中的一个或多个杂合位点；和

识别含有成对杂合位点的读对，其中从所述成对杂合位点的识别，能够确定用于等位基因变异体的定相数据。

8.根据权利要求1所述的方法，其中从单个DNA分子获得所述多个读对，其中至少1％的读对跨越单个DNA分子上的至少30kB的距离，并且其中所述读对在14天内生成。

9.根据权利要求8所述的方法，其中至少10％的所述读对跨越所述单个DNA分子上的至少50kB的距离。

10.根据权利要求8所述的方法，其中至少1％的所述读对跨越所述单个DNA分子上的至少100kB的距离。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述读对在7天内生成。

12.根据权利要求1所述的方法，其中在体外从单个DNA分子获得所述多个读对；其中至少1％的所述读对跨越所述单个DNA分子上的至少30kB的距离。

13.根据权利要求12所述的方法，其中至少10％的所述读对跨越所述单个DNA分子上的至少30kB的距离。

14.根据权利要求13所述的方法，其中至少1％的所述读对跨越所述单个DNA分子上的至少50kB的距离。