[发明专利]获得干酪乳杆菌特异性序列的方法及其使用的半随机引物

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域，特别涉及一种获得干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)特异性序列的方法及其使用的半随机引物。

背景技术

获得一种细菌的特异性序列，往往需要对网上大量的已知序列进行分析比对；但有些细菌已测的序列较少，分析起来非常困难，难以得到特异性序列。当然，也可以收集某一种细菌的所有菌株，进行测序比对，但该方法实验时间较长、费用较高。目前，在网上可以获取的干酪乳杆菌已经经过测序的序列较少，因而难以分析得到干酪乳杆菌的特异性序列。

发明内容

本发明所要解决的技术问题就是针对目前通过序列比对获取干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)的特异性序列较难，且无法从未进行全基因组测序的现有干酪乳杆菌菌株直接获取特异性序列的现状，而提供一种无需对未测序的干酪乳杆菌菌株进行测序而可以很方便地获取干酪乳杆菌的特异性序列的方法及其所使用的半随机引物。

本发明通过下述技术方案解决上述技术问题。

本发明提供的技术方案之一是：一种半随机引物，其序列组成如序列表中SEQ ID NO.1所示。

本发明中，所述的半随机引物为一种寡核苷酸，用于PCR反应扩增以捕获模板菌株的基因组DNA片段。

本发明提供的技术方案之二是：一种序列组成如序列表中SEQ ID NO.1所示的半随机引物在基因扩增中的应用。

所述的基因扩增较佳地为单引物PCR扩增，即扩增体系中只加入一条扩增引物进行DNA片段的合成。

本发明提供的技术方案之三是：一种获得干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)特异性序列的方法，其包括如下步骤：

(1)以两株以上的干酪乳杆菌菌株的基因组DNA分别为模板，以序列组成如序列表中SEQ ID NO.1所示的半随机引物为扩增引物分别进行单引物PCR扩增；

(2)对步骤(1)扩增获得的共有DNA片段进行测序，并将测序结果进行序列比对，若比对的结果为该共有DNA片段的序列仅与序列已知的干酪乳杆菌的基因同源性大于99％，则将该共有DNA片段的序列作为干酪乳杆菌的特异性序列。

本发明中，所述的干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)包括同属于干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)群的副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)。副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)也叫类干酪乳杆菌，因目前对于副干酪乳杆菌的分类学地位一直存有争议，很多学者都主张取消副干酪乳杆菌的名称，将其归入干酪乳杆菌(可参考“副干酪乳杆菌的应用研究进展”，庄海霁等，《生物技术通讯》，2006年11月，第17卷第6期)。为免混淆，本发明中所指的干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)包括了同属于干酪乳杆菌群的副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)，在此作明确说明。

在本发明中，步骤(1)中所述的干酪乳杆菌可以是已经经过基因组测序的干酪乳杆菌，也可以是未经测序的干酪乳杆菌；其中，可以使用未经测序的干酪乳杆菌的基因组DNA为模板是本发明的特别优势之一，因此可以作为优选方案。

其中，步骤(1)中所述的单引物PCR扩增为本领域常规所指的含义，即扩增体系中只加入一条扩增引物进行DNA片段的合成。

较佳地，步骤(1)中所述的单引物PCR扩增的反应体系包括如下组分：0.5～2.0μmol/L半随机引物，0.2～1.0mmol/L dNTP，1.0～2.5mmol/L的Mg²⁺，0.02～0.10U/μLTaq DNA聚合酶，以及0.5～2.0ng/μL基因组DNA模板。更佳地，所述的单引物PCR扩增的反应体系包括如下组分：1.0μmol/L半随机引物，0.5mmol/L dNTP，1.5mmol/L的Mg²⁺，0.05U/μLTaq DNA聚合酶，以及1.0ng/μL基因组DNA模板。