[发明专利]生物信息项目的分析报告自动生成方法及系统

说明书

技术领域

本发明涉及生物信息分析领域，尤其涉及一种生物信息项目的分析报告自动生成方法及系统。

背景技术

随着生命科学领域实验技术的快速发展，科学仪器的自动化、智能化水平日益提高，数据产出能力有了质的飞跃。同时，生命科学研究对分析测试的要求无论在样品数量、分析周期、分析项目和数据准确性等方面都提出了更高的标准和要求，生物实验室产出的信息呈几何级数增长。

在传统的生物实验室中，由于数据类型多样、格式不一，数据的保存、交换、查询、分析、维护都很不方便，严重阻碍了研究人员之间的信息提交。在大规模并行测序(也叫下一代测序技术、高通量测序,英文：NGS、High-throughput Sequencing)的实验和生物信息学分析中涉及到的多种流程，如DNA文库构建，基因组测序，数据处理，结果分析，成果产出，数据共享等多个环节，每个环节有不同的技术人员参与，因此在各个环节传递或是承接中会出现信息丢失或是效率低下等等问题。尤其在生物信息学中的测序，高性能计算环节，专业测序实验室需要接受大量的测序订单项目、安排测序实验、及时处理高速产出的测序结果。

在生物信息学中的测序完成后的环节中，所有项目有相应的业务线项目组来做。业务线既做只过滤，又做标准化，又做个性化。同样要经过1.项目管理立项、2.信息人负责人审批、3.信息执行人确认，4.安排跑流程，5.报告填写，6.交付，7.项目管理沟通等过程，因此耗费了业务线的本就有限的资源。

另外，在现有技术中，在完成分析流程后，在linux下生成一些类似于windows下txt的文件，里边包含整个结题报告需要的数据。数据分布在那个文件中，需要1、在linux路径下打开那个文件；2、手动复制一些数据，比如：数据量……；3、然后填到我们的word版的报告模板中；4、最后再进行质控；以及5、由项目管理传给客户。

现有技术的分析结果报告生成方式存在以下不足：

第一，linux下文件并不如word文件已于使用。数据读取较不方便。

第二，数据的复制过程，填写过程，格式修改过程(比如3000000,须填写为3,000,000)，加之人工填写，以及word模板的容易改变性，容易造成数据的错误。为填写和上述第4步质控增加了压力。

第三，耗时耗力，一份结题报告的填写和质控往往就需要几个小时。

发明内容

本发明的目的提供一种生物信息项目的分析报告自动生成方法和系统，能有效自动快速生成网页版或/和PDF版的分析报告，且由于网页版或/和PDF版的报告不易更改，从而减少失误，基本消除质控工作的压力。

本发明提供了一种生物信息项目的分析报告自动生成方法，包括步骤：

步骤一：创建项目并存于业务管理系统中，每个项目包括多个子项目；并选择所述创建项目中的子项目和任务信息；所述子项目的类型包括只过滤子项目和标准化子项目；

步骤二：当所述子项目的类型为只过滤子项目，则根据选择的子项目类型和任务信息，依次从下机数据管理系统中获取对应的且经过测序仪测序后的样品数据；且每获取一个样品数据，即根据预设的参数配置运用统一的过滤标准进行过滤与分析，从而过滤不符合参数配置的样品数据；且待获取的所有样品数据过滤与分析完后，直接生成网页版或/和PDF版的分析结果报告报告，分析结果报告报告中包括子项目信息和对应的样品信息；

步骤三：当所述子项目的类型为标准化子项目时，则该子项目对应的样品在经测序仪测序的同时，对该样品创建包括过滤分析、表达谱定量分析、差异比较分析、Cluster聚类分析、靶基因预测分析、KOGO分析和碱基编辑分析中的一种或多种的标准流程分析，且在创建每个标准流程分析过程中由用户根据当前子项目的样品情况输入对应的过滤参数；经测序仪测序完成后，根据所述输入的过滤参数对每一样品数据进行过滤，从而去掉不符合过滤参数的样品数据；然后再运用所创建的标准流程分析对符合过滤参数的每一样品数据进行分析，直接生成网页版或/和PDF版的分析结果报告，分析结果报告包括子项目信息和对应的样品信息；

步骤四：对所述分析结果报告进行质控，若质控通过，则直接输出该分析结果报告；若质控不通过，且所述分析结果报告和质控标准的差距在阈值范围内，则重新编辑所述样品数据或过滤/质控参数后再次进行步骤二或者步骤三的过滤与分析过程，直至分析结果报告通过质控；若质控不通过，且所述分析结果报告和质控标准的差距超过阈值，则编辑所述样品且废弃相关Lane,并在所述业务管理系统中重新下单。