[发明专利]一种黄麻微卫星DNA标记指纹图谱及其应用

说明书

技术领域

    本发明涉及一种分子标记技术，具体涉及一种黄麻微卫星DNA标记的指纹图谱及其应用于黄麻品种/系的鉴定或纯度分析。

背景技术

黄麻(Corchorus)是世界上仅次于棉花的重要韧皮纤维作物，主要在印度、孟加拉和中国种植。生产上栽培的有长果种(Corchorus olitorius L.)和圆果种(Corchorus capsularis L.)，染色体数均为2n=2X=14。黄麻纤维细软、强力大、吸湿性好、散水快，可纺性好，用途十分广阔。

优质黄麻品种在黄麻单产和质量中的贡献率举足轻重。我国黄麻育种家自20世纪40年代就开始黄麻的育种研究，先后推出了闽麻369、 粤圆4号、梅峰4号、闽麻5号、黄麻179 等圆果种和巴长4号、宽叶长果等长果种品种。目前，“黄麻179”和“宽叶长果”以其高产、优质、多抗等特征成为我国黄麻主产区品种审定的对照品种。

1999年我国签署了《国际植物新品种保护法》，这不仅要求我们尊重其它国家的品种知识产权，同时也要加强保护我们国家自己的品种知识产权，为了建立黄麻品种登记制度来真正保护我国的品种产权，必须首先建立成熟的品种鉴定技术，为新品种登记奠定基础。就国内而言，由于20世纪地域间引种利用，黄麻品种同种异名现象十分严重，地方品种遗传相似性高，传统的形态学和细胞学鉴定方法很难做到准确而真实的鉴定黄麻的品种差别，为此需要在分子水平上进行分析鉴定。

DNA指纹图谱能够从DNA水平上鉴定出品种间的差异或遗传相似性。而微卫星（又称为简单重复序列，SSR）是由1-6个核苷酸组成的短序列串联重复多次而组成的一段DNA。由于微卫星中重复单元的重复次数不同，因而扩增出的微卫星序列的长度呈现多态性。微卫星序列具有多态性较高，重复性和稳定性好等特点，是十分有效的分子标记，被广泛应用于品种鉴定、指纹图谱构建等领域。如用微卫星 DNA 标记进行猪品种分类的专利申请“适于猪品种分类的猪微卫星DNA标记”（公开号CN1370834A）。

为了有效保护我国黄麻的品种知识产权，有必要在我国开展黄麻开发微卫星标记开发，并应用于黄麻优良品种 “分子身份证”构建的研究。

发明内容

本发明的目的在于：提供一种黄麻微卫星DNA标记指纹图谱及其应用，该指纹图谱与常规形态学和细胞学检测相比，具有检测时间短，准确性高，重复性好的优点。

本发明提供了一种获取黄麻微卫星DNA标记指纹图谱的专用引物，所述引物为28对SSR引物，其中，11对SSR引物序列见申请专利“黄麻表达序列标签微卫星DNA标记”（专利号为2014100882191），即编号为CcSSR001、CcSSR008、CcSSR025、CcSSR030、CcSSR038、CcSSR045、CoSSR050、CoSSR052、CoSSR053、CoSSR054、CoSSR062的SSR引物；17对SSR引物序列如SEQ ID NO. 1-34所示。

本发明提供了一种黄麻微卫星DNA标记指纹图谱，选用如表1所示的来自不同地区的58个黄麻品种/系为供试材料，其中圆果种黄麻46份，长果种黄麻12份。

表1  供试黄麻种质资源的品种名称及来源

根据上述58个品种所建立的指纹图谱用数字表示为DNA fingerprint No. 1-58所示（表2）。其中，“1”代表图谱中某个位置上有扩增条带存在，而“0”代表图谱中某个位置上没有扩增条带存在。

表2  利用28对SSR引物构建58份黄麻的指纹信息

其中，无条带的记为“0”，有条带的记为“1”。