[发明专利]制备RNA探针的方法及装置

说明书

技术领域

本发明涉及核苷酸序列，特别是制备RNA探针的方法及装置，以及能够用以捕获特定区域的试剂盒。

背景技术

目标序列捕获实验的主要用途之一是研究导致疾病发生的遗传变异。全外显子捕获技术的出现，极大的推动人们对基因和疾病关系的研究。根据统计，大概85％的单基因疾病突变位点位于外显子区域，与全基因组重测序相比，相同成本下，覆盖度更深、数据准确性更高，更加简便、经济、高效。它也可用于寻找复杂疾病如癌症、糖尿病、肥胖症的致病基因和易感基因等的研究。在全基因组测序成本大幅下降之前，捕获测序的方法仍然是疾病等领域研究的热门测序法，年需求量巨大。

2009年，基因组定向捕获工具的出现，让外显子组的捕获成为可能。基于杂交的序列捕获技术作为低成本高通量对基因组连续或不连续候选区域进行研究的技术，在过去的三年中已经被广泛用于疾病相关研究，其不仅费用更低，数据的阐释也更为简单。基于杂交的序列捕获技术作为低成本高通量对基因组连续或不连续候选区域进行研究的技术，在过去的几年中已经被广泛用于疾病相关研究。目前，Agilent公司的SureSelect液相探针、RocheNimbleGen的固相芯片以及RocheNimbleGen的EZ液相探针是市场上最成熟的序列捕获试剂，几乎占领了90％以上的基于杂交的序列捕获技术市场。由于序列捕获试剂在生命科学、基因组学及医学方面的火爆市场，从2010年，也有几家其他机构在研发和推出序列捕获试剂，例如，Illumina在2010年推出了其TruSeq捕获试剂，LifeTechonologies公司2011年秋也将推出了其TargetSeq序列捕获试剂，还有一些小的公司或研究机构正在研发序列捕获芯片或试剂。

发明内容

本发明一方面提供一种制备RNA探针的方法，该方法包括：依据目标区域的参考序列获取多个DNA片段，所述目标区域为基因组的一部分或是整个基因组，所述DNA片段的全部覆盖所述目标区域的一次或多次，所述DNA片段长度为25-250nt；修饰所述DNA片段，使得每个DNA的一个末端带有至少一个启动子、另一个末端带有一段序列(N)_m；扩增修饰后的DNA片段，获得DNA扩增产物；转录所述DNA扩增产物，获得多个RNA片段，所述多个RNA片段构成所述RNA探针；其中，N为A、T、C或G，m为N的个数，4<m<20。

本发明另一方面提供一种试剂盒，其包括利用本发明一方面的方法制备得的RNA探针，所述RNA探针游离于溶液中，所述RNA探针能够特异性识别人全外显子组。

本发明的再一方面提供本发明一方面的试剂盒在捕获外显子区域中的用途。

本发明的又一方面提供一种制备RNA探针的装置，该装置能够用以执行完成本发明一方面的RNA探针制备方法的所有或者部分步骤，该装置包括：DNA片段获取单元，用于依据目标区域的参考序列获取多个DNA片段，所述目标区域为基因组的一部分或是整个基因组，所述DNA片段的全部覆盖所述目标区域的一次或多次，所述DNA片段长度为25-250nt；修饰单元，与所述DNA片段获取单元连接，用于修饰所述DNA片段，获得修饰后的DNA片段使得每个DNA的一个末端带有至少一个启动子、另一个末端带有一段序列(N)_m，N为A、T、C或G，m为N的个数，4<m<20；扩增单元，与所述修饰单元相连，用于扩增所述修饰后的DNA片段，获得DNA扩增产物；转录单元，与所述扩增单元相连，用于转录所述DNA扩增产物，获得多个RNA片段，所述多个RNA片段构成所述RNA探针。

根据本发明提供的制备RNA探针的方法，和或制备RNA探针的装置，和/或包含能够捕获全外显子组RNA探针的试剂盒，能够简单方便的获得RNA探针、RNA液相探针或者获得能够捕获目标区域的的试剂盒，目标区域可以使人类全外显子区域，人类基因组的其他区域，如疾病相关区域、全染色体、高变区域等，或者是其它基因组物种的与人类外显子裙部或部分区域序列相似度高的区域，或者同一环境中混合物种样本恒变区等相似区域。利用本发明的RNA探针制备方法也能够方便的获得相对较长的RNA探针序列，能够高特异性捕获目标区域。也能用于其它物种的相似区域的捕获。利用本发明的RNA探针制备方法或装置制备的探针捕获区域可控、制备成本较低，所需时间较短。

附图说明

本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施方式的描述中将变得明显和容易理解，其中：