[发明专利]电子FISH的方法

说明书

技术领域

本发明属于生物信息学领域，具体涉及电子FISH的方法。

背景技术

荧光原位杂交技术诞生于20世纪60年代末，其原理是利用碱基互补配对原则把探针DNA物理定位到染色体、间期细胞核和DNA纤维等靶DNA上。目前，荧光原位杂交技术广泛应用在基因物理定位、染色体识别、物理图谱的构建、亲缘关系研究和转基因检测等方面，在现代分子细胞遗传学领域有着不可取代的地位。

然而荧光原位杂交实验，往往对实验人员的实验技术要求较高，实验过程中稍有差错便会导致实验失败，结果不理想，且实验还需要消耗大量的实验材料。随着大量物种基因组序列的获得，生物信息学得到了快速的发展，利用生物信息学进行电子荧光原位杂交，可快速准确的获得探针DNA在靶DNA上的物理位置和重复次数，结果可靠精确，且靶DNA可以是基因组、单染色体、特定的染色体片段等，针对性强。

发明内容

本发明的目的是提供一种电子FISH的方法。

根据本发明的具体实施方式，所述的方法包括以下步骤：

(1)用NCBI的BLASTN软件进行序列比对：以探针序列作为检索序列，以靶序列作为数据库序列，进行序列比对，数据库序列可是某条染色体的序列、基因组序列及某染色体片段序列等；

(2)用Perl脚本blast_parser.pl修饰比对结果，该脚本可以把比对结果转换成表格形式，方便统计分析；

(3)删除比对结果中片段偏短、一致性偏差的结果。

(4)以探针序列在靶序列上的位置为纵坐标，以比对次数为横坐标做散点图。

荧光原位杂交技术如今在染色体鉴定、物理图谱构建、基因组比较研究等方面起着重要的作用，该方法利用BLASTN软件从碱基水平进行序列比对分析，来探究探针序列和靶序列的同源关系，故可准确直观的展现出探针序列在靶序列上的位置及重复次数，操作简单方便，且用真实FISH验证其结果，证明其结果可靠精确，节约了时间和成本，且靶DNA可以是基因组、单染色体、特定序列片段等，分辨率高且针对性较强。

附图说明

图1显示实施例1电子FISH和常规FISH的结果，其中，

A以棉花BAC克隆299N22为探针DNA，以雷蒙德氏棉13号染色体序列为靶DNA，进行电子FISH，横坐标是探针DNA在雷蒙德氏棉13号染色体上的重复次数，纵坐标是探针DNA在雷蒙德氏棉1号染色体上的物理位置；

B以为棉花BAC克隆299N22为探针DNA，以雷蒙德氏棉有丝分裂中期染色体序列为靶DNA，进行FISH，绿色为BAC克隆299N22的杂交信号，红色为用来识别雷蒙德氏棉13号染色体的特异BAC的杂交信号，标尺＝5μm；

C以棉花BAC克隆299N22为探针DNA，以亚洲棉2号染色体序列为靶DNA，进行电子FISH，横坐标是探针DNA在亚洲棉2号染色体上的重复次数，纵坐标是探针DNA在亚洲棉2号染色体上的物理位置；

D以为棉花BAC克隆299N22为探针DNA，以亚洲棉有丝分裂中期染色体序列为靶DNA，进行FISH。绿色为BAC克隆299N22的杂交信号，标尺＝5μm。

具体实施方式

实施例1 以棉花BAC 299N22克隆为探针，分别以雷蒙德氏棉(D₅)、亚洲棉(A₁)基因组为靶DNA，进行电子FISH。随后以雷蒙德氏棉(D₅)、亚洲棉(A₁)有丝分裂中期染色体为靶DNA，进行FISH验证。

1材料和方法

1.1实验材料

实验材料是亚洲棉中亚1号、雷蒙德氏棉，均来自于中国农业科学院棉花研究所。所用的BAC克隆为299N22，来自于海岛棉pi-ma 90海岛棉文库。

1.2实验方法

1.2.1电子FISH步骤

1)用棉花BAC克隆299N22的序列，通过Blastn软件比对亚洲棉基因组和雷蒙德氏棉基因组(Li et al.,2014；Wang et al.,2012)。

2)通过Perl脚本blast_parser.pl编辑比对结果。

脚本内容

3)随后把比对结果拷贝到Excel中，去除片段偏短，一致性较差的结果。