[发明专利]一种RNA编辑位点的检测方法

权利要求书

1.一种RNA编辑位点的检测方法，其特征在于，所述方法包括步骤：对 群体样本进行测序，获得群体样本的DNA和RNA数据；分析所获得的所述群体 样本的DNA和RNA数据，得到RNA编辑位点数据；

其中，所述群体样本中的样本数量≥10个；优选地所述群体样本中样本数 量≥20个，更优选地所述群体样本中样本数量≥50个，最优选地所述群体样 本中样本数量≥100个。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述样本为正常组织样本和/ 或肿瘤组织样本。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法包括步骤：

(1)比对

(1.1)获得群体样本的高通量DNA和RNA测序的原始数据；

(1.2)对原始数据进行初步过滤得有效数据；

(1.3)将有效数据比对到参考基因组上；

(1.4)校正比对结果的碱基质量值；

(1.5)去除比对结果中的重复序列；

(1.6)分割含N的片段；

(2)检测突变

检测突变，得原始RNA编辑位点数据；

(3)过滤突变

(3.1)过滤原始RNA编辑位点数据中的假阳性位点；

(3.2)排除基因组上的单核苷酸多态性(SNP)位点；

(3.3)移除所检测RNA的插入或缺失位点左右各30bp内的位点；

(3.4)滤除假编辑位点；

(3.5)滤除FS(Phred-scaledp-valueusingFisher'sexacttestto detectstrandbias)＞20的位点；

(3.6)滤除基因间区以及处在剪切位点左右2bp内的位点；

获得所述RNA编辑位点数据。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述步骤(1.2)中，初步过滤去 除的内容有：

(i)含接头的片段；

(ii)N的比例较高(优选地比例≥10％)的片段；

(iii)低质量片段(优选地，所述低质量片段是指平均质量值小于15的片段)。

5.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述步骤(1.1)中的所述高通 量DNA和RNA测序的原始数据由Illumina测序平台产生；和/或

所述步骤(1.3)中，比对工具为基于Bowtie的RNA-seq比对工具tophat；和/ 或

所述步骤(1.4)中，使用GATK(GenomeAnalysisToolkit)工具校正比对 结果的碱基质量值；和/或

所述步骤(1.5)中，利用Picard工具包去除比对结果中存在的重复序列； 和/或

所述步骤(1.6)中，使用GATK分割比对结果中含N的片段。

6.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述步骤(2)中，使用GATK 的UnifiedGenotyper工具检测突变。

7.如权利要求6所述的方法，其特征在于，所述步骤(2)中，分别对样本 的正常RNA、肿瘤RNA、正常DNA和肿瘤DNA四组bam文件进行突变检测。

8.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述步骤(3.1)中，使用GATK 对检测出来的原始RNA编辑位点数据做VQSR(Variantqualityscore recalibration)过滤掉假阳性位点。

9.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述步骤(3.2)中的单核苷酸 多态性(SNP)位点包括：基因组上的单核苷酸多态性(SNP)位点与RNA检测 的共有位点，以及dbSNP数据库中的SNP位点与RNA检测的共有位点。

10.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述步骤(3.4)中，以深度 大于2且突变支持数大于1作为一个可信的发生编辑的样本，若该组样本的编 辑样本支持数少于2个，则视为假编辑位点。