[发明专利]先天性甲状腺功能减低症多基因测序引物及检测方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种先天性甲状腺功能减低症多基因测序引物及检测方法，特别涉及先天性甲状腺功能减低症(简称先天性甲低，Congenital hypothyroidism,CH)多基因测序检测分析方法，属于分子生物学领域和临床检验学领域。

背景技术

先天性甲状腺功能减低症(简称先天性甲低，Congenital hypothyroidism,CH)是导致新生儿智力和体格发育障碍的最常见的内分泌疾病之一，其患病率在不同地域、不同种族、以及不同环境均可存在差异。CH患病率在全国平均水平为1/2050，而在广西患病率可达1/835，早期诊断和治疗是降低疾病危害的主要措施。

目前CH的诊断主要分为一般性诊断和甲状腺核素扫描诊断。一般性诊断主要是通过实验测定血液TSH、FT3、FT4浓度水平，确定甲状腺功能低下的程度和性质。病因学诊断，主要包括放射性核素甲状腺扫描，以明确甲状腺的发生、发育及功能情况。前者的影响因素较多，灵敏度和特异度均有待于提高，且不能对疾病进行分型，而甲状腺核素扫描仅对有形态学改变的永久性CH诊断有效。

核酸测序通过对目的基因片段进行DNA序列检测，从而得到目的基因DNA序列信息，是现代分子生物学中应用广泛的一项重要技术，长久以来广泛应用于基因突变检测以及基因分型等领域。一代测序又称为“Sanger测序”,由于结果直观，因此是DNA测序的“金标准”,但因其成本高，通量过低，手工操作时间长，只能对基因进行单独监测检测，对多基因引起的疾病临床应用存在困难。

发明内容

本发明的主要目的在于克服现有CH检测技术的不足，提供一组能对导致先天性甲状腺功能减低症的多基因进行快速、全面检测的、且适用于临床患者基因突变检测及疾病分类的多基因测序引物。

本发明的第二个目的是提供一种结果准确、通量高、时的间短、成本低能同时检测先天性甲状腺功能减低症的多个候选基因的检测方法。

为实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

一组检测先天性甲状腺功能减低症的多基因PCR引物序列，由Pax-8基因PCR引物序列、TG基因PCR引物序列、IYD基因PCR引物序列、DUOX2基因PCR引物序列、NIS基因PCR引物序列、TSHR基因PCR引物序列和TPO基因PCR引物序列中的一种或多种引物序列组成。

所述Pax-8基因PCR引物序列为序列表SEQ ID No.1—SEQ ID No.12所示的核苷酸序列。

所述TG基因PCR引物序列为序列表SEQ ID No.13—SEQ ID No.72所示的核苷酸序列。

所述IYD基因PCR引物序列为序列表SEQ ID No.73—SEQ ID No.82所示的核苷酸序列。

所述DUOX2基因PCR引物序列为序列表SEQ ID No.83—SEQ ID No.100所示的核苷酸序列。

所述NIS基因PCR引物序列为序列表SEQ ID No.101—SEQ ID No.118所示的核苷酸序列。

所述TSHR基因PCR引物序列为序列表SEQ ID No.119—SEQ ID No.136所示的核苷酸序列。

所述TPO基因PCR引物序列为序列表SEQ ID No.137—SEQ ID No.166所示的核苷酸序列。

本发明主要利用oligo 6.0软件设计DUOX2、TG、TSHR等七种CH相关基因共139个外显子的PCR扩增引物(表1)，根据外显子相距远近程度，合并部份外显子共同设计引物，共计83对引物。引物设计遵循如下几个原则：引物的长度范围在19-23bp适宜；引物应无二聚体，尤其是3’端二聚体形成的可能性；无发夹结构；上下游引物Tm值相差不宜超过5℃；GC含量以45-55％为宜。当上下游引物确定以后，在NCBI数据库中利用Blast对上游和下游引物进行比对分析，确保引物的特异性及扩增效率。与目前illumina、安捷伦以及罗氏公司的捕获技术获得150-400bp片段相比，扩增产物长度平均在1.5kb左右，通过PCR长片段扩增，可以对目标区域进行有效地捕获。

表1：本发明多基因PCR引物序列