[发明专利]基于蛋白‑蛋白相互作用网络的基因集鉴定方法

权利要求书

1.一种基于蛋白-蛋白相互作用网络的基因集鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：

步骤一，从“数据集B”中找出和“集合A”发生直接相互作用的基因/蛋白，并命名为“节点集B”；“节点集B”中的基因/蛋白来自于“数据集B”，且和“集合A”没有共有基因/蛋白；

步骤二，统计“节点集B”中每个基因/蛋白和“集合A”发生直接相互作用的数目，该数目被命名为“节点集B”中基因/蛋白的维度“i”，“节点集B”中的基因/蛋白具有不同的维度；

步骤三，用具有不同最小维度“i”的“节点集B[i]”从“集合A”中调出那些相互作用的基因/蛋白，并被命名为“集合A[i]”，“集合A”中剩余的基因/蛋白被命名为“集合A[i]余”；

步骤四，计算“集合A[i]”的聚集z值；

步骤五，具有最大聚集z值的“集合A[i]”为所鉴定的基于蛋白-蛋白相互作用网络的基因集。

2.如权利要求1所述的基于蛋白-蛋白相互作用网络的基因集鉴定方法，其特征在于，步骤一中，所述数据集B为公共数据库中蛋白-蛋白相互作用数据。

3.如权利要求1所述的基于蛋白-蛋白相互作用网络的基因集鉴定方法，其特征在于，步骤一中，所述集合A为从相关全基因转录组研究数据获得的显著调变，且具有生物功能富集的基因集。

4.如权利要求1所述的基于蛋白-蛋白相互作用网络的基因集鉴定方法，其特征在于，步骤四中，所述聚集z值的计算包括如下步骤：

a)计算每个基因/蛋白的表达显著性，即生物样本感兴趣不同处理之间显著性比较的校正p值；

b)用1减去该校正p值，进而除以正态累积分布函数，生成z值；

c)相加“集合A[i]”中所有基因/蛋白的z值，并除以“集合A[i]”基因/蛋白数目的平方根，得到聚集z值；通过聚集z值可以比较具有不同基因/蛋白数目“集合A[i]”的相对表达变化，聚集z值越高，“集合A[i]”表达越显著。