[发明专利]基于绒毛白蜡转录组测序信息开发的SSR引物组及其在种质鉴定中的应用

说明书

技术领域

本发明涉及一套基于绒毛白蜡转录组测序信息开发的SSR引物组及其在种质鉴定中的应用，属于生物技术领域。

背景技术

绒毛白蜡(Fraxinus Velutina Torr.)为木犀科(leaceae)白蜡属(Fraxinus Linn.)落叶乔木，原产于美国，1911年引入我国山东济南(孟昭和等，2001)，速生、美观、抗逆,已成为我国华北、华东主要沿海城市园林绿化树种和优良盐碱地造林树种(时明芝，1996；王勤等，2000；倪国祥等，1995；王友平等，2007)，也是唯一的盐碱地大乔木树种。由于缺乏大量的多态性分子标记，其遗传学和基因组学方面的研究滞后于林木树种杨树。因此，查清我国绒毛白蜡种质资源的遗传背景、开展相应的遗传学基础研究、定位重要经济性状是我国白蜡选育工作中首先需要解决的问题。此外，传统的白蜡分类主要依靠果实形状和果翅数目的不同，该分类方法无法有效的在幼树早期进行应用，同时在还存在着分类混淆问题，导致目前白蜡命名上存在一些争议(洪亚平等，2004)。利用分子生物学办法、建立有效、快捷的种质鉴别方法对解决我国白蜡树种间的分类问题与良种早期选育具有重要的意义。

目前在木本植物的遗传学分析中，应用较多的主要是RAPD，ISSR，AFLP等分子标记，但是这些标记大多是采用无全基因组序列信息的技术开发得到，虽然具有一定的应用价值，但是随机性强、稳定性差。SSR(Simple Sequence repeats)即简单重复序列，又称微卫星DNA(Mierosatellites)，是一种由2-6个核苷酸为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列，存在于绝大多数真核生物基因组中，且分布在整个基因组的不同位置上。与其他分子标记相比，SSR技术具有共显性、多态性相对丰富、基因组覆盖较多等特点，且该技术具有简便、快速、稳定性高和等位基因多样性高等优点，是目前进行遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定和DNA指纹图谱构建等研究的首选标记(Maetal.2004；吴晓雷等，2001)。由于林木自身固有的长周期育种特性，分子标记在林木育种研究中应用将更加广泛。随着测序技术的发展和成本的降低，部分木本树种已完成转录组测序，在此基础上便于对这些植物进行转录组SSR标记的挖掘和分析。白蜡与杨树、茶树等木本植物相比，目前报道的仅有欧洲白蜡SSR标记(只有11对)，王建兵等通过EST数据库开发了具有多态性的3对绒毛白蜡SSR标记(2014年)，数量极少，远不能满足白蜡研究的需要，因此大量开发SSR标记仍是目前白蜡研究的重要工作之一。鉴于此，开发基于白蜡转录组序列的SSR引物组，将有助于高效的构建白蜡的遗传图谱，开展与重要经济性状相关的QTL定位，从而推动白蜡分子标记辅助育种的进程。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明的目是提供一套基于绒毛白蜡转录组测序信息开发的SSR引物组及其在种质鉴定中的应用。

本发明所述的基于绒毛白蜡转录组测序信息开发的SSR引物组，其特征在于，该SSR引物组有42对引物，其中：

第1对引物由核苷酸序列如SEQ ID No.1所示的正向引物序列和核苷酸序列如SEQ ID No.2所示的反向引物序列组成，

第2对引物由核苷酸序列如SEQ ID No.3所示的正向引物序列和核苷酸序列如SEQ ID No.4所示的反向引物序列组成，

第3对引物由核苷酸序列如SEQ ID No.5所示的正向引物序列和核苷酸序列如SEQ ID No.6所示的反向引物序列组成，

第4对引物由核苷酸序列如SEQ ID No.7所示的正向引物序列和核苷酸序列如SEQ ID No.8所示的反向引物序列组成，

第5对引物由核苷酸序列如SEQ ID No.9所示的正向引物序列和核苷酸序列如SEQ ID No.10所示的反向引物序列组成，

第6对引物由核苷酸序列如SEQ ID No.11所示的正向引物序列和核苷酸序列如SEQ ID No.12所示的反向引物序列组成，

第7对引物由核苷酸序列如SEQ ID No.13所示的正向引物序列和核苷酸序列如SEQ ID No.14所示的反向引物序列组成，

第8对引物由核苷酸序列如SEQ ID No.15所示的正向引物序列和核苷酸序列如SEQ ID No.16所示的反向引物序列组成，