[发明专利]碱基序列对准系统及方法

权利要求书

1.一种碱基序列对准系统，包括：

种子生成单元，由所接收的短片段生成多个种子；

筛选单元，将生成的所述种子映射于参考序列，并通过考虑映射的种子之间的间隔而选择所述映射的种子中的全局对准对象种子；

对准单元，在被选择的所述种子的所述参考序列上的映射位置上执行所述短片段的针对所述参考序列的全局对准。

2.如权利要求1所述的碱基序列对准系统，其中，所述筛选单元将映射于所述参考序列的种子当中的、种子之间的间隔之和在设定值以下的种子选择为所述全局对准对象种子。

3.如权利要求2所述的碱基序列对准系统，其中，所述筛选单元将映射于所述参考序列的种子当中的、满足如下数学式的种子选择为所述全局对准对象种子：

A≤MaxError+B，

其中，A为被选择的各个种子在所述参考序列内的间隔之和，B为被选择的各个种子在所述短片段内的间隔之和，MaxError为最大误差允许值。

4.如权利要求1所述的碱基序列对准系统，其中，所述系统还包括：

精确匹配单元，执行所接收的短片段的针对所述参考序列的精确匹配；

误差个数估计单元，针对在所述精确匹配单元中没有得到精确匹配的短片段，估计出将相关短片段对准于所述参考序列时的误差个数，

其中，所述种子生成单元在估计出的所述误差个数在设定的最大误差允许值以下时由所述短片段生成多个种子。

5.一种碱基序列对准方法，包括如下步骤：

在种子生成单元中，由所接收的短片段生成多个种子；

在筛选单元中，将生成的所述种子映射于参考序列，并通过考虑映射的种子之间的间隔而选择所述映射的种子中的全局对准对象种子；

在对准单元中，在被选择的所述种子的所述参考序列上的映射位置上执行所述短片段的针对所述参考序列的全局对准。

6.如权利要求5所述的碱基序列对准方法，其中，在选择所述全局对准对象种子的步骤中，将映射于所述参考序列的种子当中的、种子之间的间隔之和在设定值以下的种子选择为所述全局对准对象种子。

7.如权利要求6所述的碱基序列对准方法，其中，在选择所述全局对准对象种子的步骤中，将映射于所述参考序列的种子当中的、满足如下数学式的种子选择为所述全局对准对象种子：

A≤MaxError+B，

其中，A为被选择的各个种子在所述参考序列内的间隔之和，B为被选择的各个种子在所述短片段内的间隔之和，MaxError为最大误差允许值。

8.如权利要求5所述的碱基序列对准方法，其中，在执行生成所述种子的步骤之前，还包括如下步骤：

在精确匹配单元中，执行所接收的短片段的针对所述参考序列的精确匹配；

在误差个数估计单元中，针对在执行所述精确匹配的步骤中没有得到精确匹配的短片段，估计出将相关短片段对准于所述参考序列时的误差个数，

其中，在生成所述种子的步骤中，当估计出的所述误差个数在设定的最大误差允许值以下时由所述短片段生成多个种子。