[发明专利]一种梨果皮光滑度主效QTL位点的SNP分子标记引物及其应用

权利要求书

1.一种与梨果皮光滑度主效QTL位点qSmooth紧密连锁的SNP标记Pybd02_010引物对，其特征在于：正向引物SMOOTH-F：SEQ ID NO.1，反向引物SMOOTH-R：SEQ ID NO.2。

2.权利要求1所述的SNP标记引物对在梨分子育种中的应用，其特征在于利用所述的引物对基于高分辨率溶解曲线鉴定检测登录号为AJSU00000000的梨基因组序列scaffold283.0的第416246个碱基处是否存在一个与梨果皮光滑度相关的QTL位点qSmooth，同时检测QTL位点qSmooth上的多态性表达果皮光滑度的差异，预测梨果皮光滑度，以实现梨果皮光滑度性状的早期鉴定和筛选。

3.权利要求1所述的SNP标记引物对在检测梨果皮光滑度主效QTL位点qSmooth及其SNP多态性中的应用。

4.权利要求1所述的引物用于检测梨果皮光滑度主效QTL位点qSmooth的SNP标记方法，其特征在于：利用权利要求1所述的SNP标记引物对梨基因组DNA进行HRM反应，如果扩增产物序列大小在249bp，表明存在一个与梨果皮光滑度相关的QTL位点qSmooth；PCR循环结束后进行熔解，最后，在480II的Gene Scanning软件中1.5version自动生成扩增产物的不同颜色和线型的熔解曲线，分别以已知梨果皮光滑度相关的QTL位点qSmooth上表达果皮光滑的品种和表达果皮粗糙的品种为对照，检测QTL位点qSmooth上的多态性表达果皮光滑度的差异，如果未知品种得到的扩增产物的熔解曲线与对照的颜色相同、线型相似，则表示在梨果皮光滑度主效QTL位点qSmooth上的多态性表达的果皮光滑度和对照相似。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于所述的已知梨果皮光滑度相关的QTL位点qSmooth上表达果皮粗糙的品种为‘砀山酥梨’，已知梨果皮光滑度相关的QTL位点qSmooth上表达果皮光滑的品种为‘八月红’。

6.根据权利要求5所述的SNP标记方法，其特征在于所述的HRM反应的反应体系按照480High Resolution Melting Master试剂盒中的说明书进行，HRM分析是在480II荧光定量PCR仪上进行；10μL反应体系：含有2ng·μL^-1梨基因组DNA模板、1×Master Mix、2.0mmol·L^-1MgCl₂、0.2mmol·L^-1权利要求1所述的引物对；扩增程序采用降落式PCR：95℃预变性10min，然后95℃变性10s、60～55℃，每循环下降0.5℃，退火15s、72℃延伸12s的程序进行45个循环；

PCR循环结束后进行熔解的程序为：95℃1min，40℃1min，65℃1s，再从65℃连续升温至95℃，每升高0.04℃，收集荧光1次，最后降温至40℃。

7.一种与梨果皮光滑度主效QTL位点qSmooth紧密连锁的SNP标记Pybd02_010，其特征在于该分子标记由引物对：正向引物SMOOTH-F：SEQ ID NO.1和反向引物SMOOTH-R：SEQ ID NO.2扩增梨基因组DNA得到。

8.权利要求7所述的SNP标记Pybd02_010在梨分子育种中的应用，其特征在于该分子标记位于梨的第2连锁群的76.3cM处，Kruskal-Wallis统计测验值为15.118，在α＝0.001显著水平下显著，利用区间作图法的LOD值为2.72，解释14.1％的遗传变异。

9.权利要求7所述的SNP标记在检测梨果皮光滑度主效QTL位点qSmooth及其SNP多态性中的应用。

10.权利要求7所述的SNP标记用于检测梨果皮光滑度主效QTL位点qSmooth的SNP标记方法，其特征在于：利用权利要求1所述的SNP标记引物对梨基因组DNA进行HRM反应，如果扩增产物序列大小在249bp，表明存在一个与梨果皮光滑度相关的QTL位点qSmooth；PCR循环结束后进行熔解，最后，在480II的Gene Scanning软件中1.5version自动生成扩增产物的不同颜色和线型的熔解曲线，分别以已知梨果皮光滑度相关的QTL位点qSmooth上表达果皮光滑的品种和表达果皮粗糙的品种为对照，检测QTL位点qSmooth上的多态性表达果皮光滑度的差异，如果未知品种得到的扩增产物的熔解曲线与对照的颜色相同、线型相似，则表示在梨果皮光滑度主效QTL位点qSmooth上的多态性表达的果皮光滑度和对照相似；其中所述的已知具有与梨果皮光滑度相关的QTL位点qSmooth上表达果皮粗糙的品种为‘砀山酥梨’，表达果皮光滑的品种为‘八月红’。