[发明专利]一种多等位基因型PCR扩增片段的筛选方法及其应用

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及一种多等位基因型PCR扩增片段的筛选方法及其应用。

背景技术

近年来食品安全事件频发，政府管理部门及消费者对食品安全的关注也史无前例，因此研发动物个体身份识别技术及肉产品溯源技术，特别是DNA识别技术迫在眉捷。

为此，我们对动物个体身份识别及肉产品溯源的SNP条形码技术开展了系列研究，并深感如果要真正实现动物个体身份识别等技术研发及真正产业化，需要使动物个体身份DNA识别及肉产品DNA溯源技术及其研发变得更为简单，那么必须要筛选到一些同时含有多个SNP位点的PCR扩增片段，且PCR扩增片段多等位基因型，由这些PCR扩增片段内的有效SNP位点组合成SNP条形码。多等位基因型PCR扩增片段主要针对染色体上的基因间隔序列筛选，不仅只针对功能基因筛选。针对基因间隔序列筛选不仅易于发现大量的SNP位点，而且大量SNP位点所组成的多等位基因型PCR扩增片段信息量较大，进而使动物个体身份DNA识别及肉产品溯源DNA溯源技术及其研发变得更为简单，技术产业化成本更低；而功能基因序列相比较于染色体上的基因间隔序列相对保守，突变相对较少，SNP筛选效率相对不高，且扩增的PCR片段大多只含有一个SNP位点，信息量相对有限。为此，我们提出了“多等位基因型PCR扩增片段”概念，并建立了一种多等位基因型PCR扩增片段的简易筛选方法。

发明内容

本发明目的是针对现有技术的上述不足，提供了一种多等位基因型PCR扩增片段的筛选方法。

本发明的另一目的是提供该方法的应用。

本发明的技术方案如下：

一种多等位基因型PCR扩增片段的筛选方法，是通过NCBI查找已经公布的染色体相关资料，确定疑似存在的SNP聚集，然后针对疑似存在的SNP聚集区域设计引物并PCR扩增，扩增片段通过测序以检测PCR扩增片段是否真正存在多个SNP位点，并进一步通过SNP位点的关联性分析，确定扩增片段是否具有多等位基因型，从而筛选出多等位基因型PCR扩增片段，用于动物个体身份识别、肉产品溯源等技术的研发及产业化。

其中，所述的多等位基因型PCR扩增片段是指PCR扩增片段至少存在2个或以上的SNP位点，且(在群体中)扩增片段分离到的等位基因型数量≥4。

所述的染色体相关资料(数据)，是指NCBI上公布的染色体DNA序列及DNA序列上的疑似SNP位点。

所述的SNP聚集，是指NCBI公布的DNA序列的某一区段(一次测序长度为宜)内存在多个疑似SNP位点，且疑似存在的SNP位点数量越多越好。

按照本发明所述的筛选方法获得的多等位基因型PCR扩增片段可应用于动物个体身份识别、肉产品溯源技术研发、分子遗传标记筛选等方面，优选应用于猪个体身份识别技术研发等方面所需的多等位基因型PCR扩增片段的筛选。

有益效果：本发明是根据NCBI已经公布的染色体相关资料(数据)，来筛选基因组DNA的疑似高变区，并设计引物扩增获得多等位基因型扩增片段，用于动物个体身份识别、肉产品溯源技术的研发及产业化等。不同于目前主要针对功能基因(功能基因序列相对保守)的大多数SNP筛选，本发明的多等位基因型PCR扩增片段筛选不考虑筛选对象，且筛选的PCR扩增片段大多位于染色体上的基因间隔序列。基因间隔序列相比较于功能基因，序列相对不保守，且存在大量的高变区，因此SNP筛选更为容易，效率相对较高。而且，筛选的扩增片段多等位基因型，相比较于只有一个SNP位点的PCR扩增片段，信息量相对较大，有利于动物个体身份识别、肉产品溯源等技术的研发及产业化。例：如果筛选的PCR扩增片段基因型数在9个以上，那么5对引物(理论上)就可用于9⁵个猪个体(5.9万头)的身份识别，基本可以满足规模猪场的猪个体身份识别，而如果筛选的PCR扩增片段仅只含有一个SNP位点，那么达到同样的个体身份识别效果，理论上则需要10对引物。因此，多等位基因型PCR扩增片段的筛选有利于动物个体身份识别等技术的研发及产业化。同时，由于筛选的多等位基因型PCR扩增片段大多位于染色体上的基因间隔序列，属于高变区，因此多等位基因型PCR扩增片段存在一些不同品种共有的SNP位点，或同时存在不同品种的SNP突变位点，这样筛选到的这些PCR扩增片段可同时用于动物多个品种的个体身份识别或肉产肉溯源等，从而实现动物个体身份识别、肉产品溯源等技术的深度研发及产业化。

附图说明