[发明专利]与小麦5D染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记检测引物

说明书

技术领域

本发明涉及与小麦5D染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记检测引物，属于小麦分子生物技术与分子标记应用技术领域。

背景技术

小麦是异源六倍体，基因组结构复杂，每个基因组上存在的分子标记的多态也有较大差异。通过前人构建的分子遗传图谱发现A、B基因组上分子标记较多，而D基因组各个染色体上的标记较少，尤其是4D和5D染色体，这也为存在这些染色体上控制重要性状的基因的克隆带来了较大的困难。因此，开发4D和5D染色体上新的分子标记不仅能够加密饱和分子遗传图谱，而且对克隆控制重要性状(如矮败不育性状、抽穗期等性状)的基因奠定良好的基础。

在各类分子标记中，基于PCR的SSR(simple sequence repeat)标记及其丰富，且广泛分布于基因组中。因具有超变异性及位点专一性、共显性和多等位基因等优越性得到广泛应用。但由于受小麦基因组测序困难的限制，以前的SSR标记只能计算出遗传位置，没有确定的物理位置，不利于基因的精细定位及克隆。

但随着A基因组和D基因组测序工作的完成，以及D基因组物理图谱的构建为开发物理位置确定的SSR标记提供了帮助，但目前仍然没有一种具有确切物理位置的SNP-SSR分子标记。

发明内容

本发明针对现有技术的不足，提供与小麦5D染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记检测引物。

本发明技术方案如下：

与小麦5D染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记Xtdc11的检测引物，所述检测引物为一对，分别为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。

上述检测引物在小麦基因的精细定位和辅助育种中的应用。

与小麦5D染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记Xtdc31的检测引物，所述检测引物为一对，分别为SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示的核苷酸序列。

上述检测引物在小麦基因的精细定位和辅助育种中的应用。

与小麦5D染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记Xtdc38的检测引物，所述检测引物为一对，分别为SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列。

上述检测引物在小麦基因的精细定位和辅助育种中的应用。

与小麦5D染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记Xtdc44的检测引物，所述检测引物为一对，分别为SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示的核苷酸序列。

上述检测引物在小麦基因的精细定位和辅助育种中的应用。

有益效果

本发明所述的与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记可应用于品种多态性的筛选、高密度遗传图谱的构建及制重要产量和品质性状的基因的精细定位和克隆，能够极大缩短研究周期，加快速度，降低成本，具有操作简单，成本低廉，周期短的优点，适于推广应用，为控制小麦重要性状基因的克隆提供了技术支持，提高了效率和质量。

附图说明

图1、SNP-SSR引物Xtdc38和Xtdc44PCR在不同材料中的扩增结果；

图中：1、山农19，2、山农20，3、衡6632，4、衡6503，5、衡4568，6、衡观76，7、科农1006，8、科农2009，9、郑麦0856，10、郑麦7698，11、西农529，12、西农157，13、泛7030，14、10繁27，15、花培3号，16、豫麦57，17、SDAU1，18、SDAU2，19、SDAU3，20、SDAU4，21、SDAU5，22、N5A，23、N5B，24、N5D；

图2、标记Xtdc11、Xtdc31、Xtdc38和Xtdc44在在DH群体部分家系中的多态性；

图中：箭头所示为多态性位点，自左向右的泳道对应DH群体家系编号从97到145，其中140缺失，M：Marker；

图3、添加Xtdc11、Xtdc31、Xtdc38、Xtdc44分子标记后的小麦5D分子遗传图谱；

图4主效QTL在5D染色体上的位置定位图。

具体实施方式

下面结合实施例对本发明的技术方案做进一步说明，但本发明所保护范围不限于此。

实验材料

普通小麦品种：

山农19和山农20购自山东圣丰种业科技有限公司；

衡6632、衡6503、衡4568和衡观76购自河北省农林科学院旱作农业研究所；