[发明专利]一种与植物根系性状相关的SNP位点及其应用

权利要求书

1.一种与植物根系性状相关的SNP位点，该SNP位点为SEQ ID No.4中自5’末端起第55位核苷酸，该第55bp位核苷酸为C和/或G；SEQ ID No.4所示DNA片段在小麦染色体1BS上的19.3cM位置。

2.一种与植物根系性状相关的含有SNP位点的DNA片段，其特征在于：该DNA片段的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示，其中，该序列第55bp处碱基为C和/或G；

并且该DNA片段在小麦染色体1BS上的19.3cM位置。

3.一种用于检测权利要求1所述SNP位点的特异引物组，所述特异引物组包括两条引物，第一条引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，另一条引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。

4.根据权利要求3所述的特异引物组，其特征在于，还包括一条引物，该引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。

5.一种辅助筛选优良根系植物的PCR试剂盒，其特征在于：

所述PCR试剂盒包括权利要求2或3所述特异引物组和PCR扩增缓冲液；

所述PCR扩增缓冲液包括DNA聚合酶、dNTP、MgCl₂、KCl、Tris和水。

所述PCR扩增缓冲液的PH值为9.0；

所述特异引物组中每条引物在所述PCR试剂盒中的终浓度均为0.25uM；

所述Tris-HCl在所述PCR试剂盒中的终浓度为1mmol·L^-1；

所述KCl在所述PCR试剂盒中的终浓度为5mmol·L^-1；

所述MgCl₂在所述PCR试剂盒中的终浓度为2.5mmol·L^-1；

所述dNTPs在所述PCR试剂盒中的终浓度为200μmol·L^-1；

所述DNA聚合酶在所述PCR试剂盒中的终浓度为1.5U。

6.权利要求1所述SNP位点、权利要求2所述DNA片段、权利要求3或4所述的特异引物组、或权利要求4所述PCR试剂盒在辅助筛选优良根系植物中的应用。

7.一种鉴别优良根系植物的方法，包括如下步骤：检测待测植物的染色体1BS上的19.3cM位置是否含有权利要求1所述SNP位点，并且检测该SNP位点的基因型；基因型为CC的植物的根系优于基因型为CG或GG的植物。

8.一种辅助筛选优良根系植物的方法，包括如下步骤：检测待测植物的染色体1BS上的19.3cM位置是否含有权利要求1所述SNP位点，并且检测该SNP位点的基因型；若基因型为CC，则判定所述待测植物为候选的优良根系植物。

9.根据权利要求7或8所述的方法，其特征在于：所述“检测待测植物的染色体1BS上的19.3cM位置是否含有权利要求1所述SNP位点，并且检测该SNP位点的基因型”的方法为如下（1）或（2）：

（1）利用权利要求3或4所述的特异引物组或权利要求4所述PCR试剂盒，对待测植物进行PCR扩增，对PCR扩增产物进行测序；若测序结果为SEQ ID No.4，且自其5’末端起第55位为C，则判定待测植物的SNP位点的基因型为CC；若测序结果为SEQ ID No.4和SEQ ID No.5，且自SEQ ID No.45’末端起第55位为C或G，则判定待测植物的SNP位点的基因型为CG或GG；

（2）利用权利要求3或4所述的特异引物组或权利要求4所述PCR试剂盒，对待测植物进行PCR扩增，对PCR扩增产物进行凝胶电泳；若电泳显示扩增产物为173bp的一种片段，则判定待测植物的SNP位点的基因型为CC；若电泳显示扩增产物为173bp和138bp的两种片段，则判定待测植物的SNP位点的基因型为CG或GG。

10.根据权利要求6所述的应用、权利要求7-9任一所述的方法，其特征在于：

所述植物为小麦；

所述小麦具体为如下品种中的任一种或任几种：碧蚂1号、藁城8901、邯6172、淮麦18、淮麦20、济麦19、济麦21、京双16、济麦22、晋麦45、良星66、临旱2号、良星99、陕354、绵阳26、烟农19、皖麦38、汶农14、西农979、小偃54、扬麦9号、中优9507、豫麦63、中麦895、周麦16、周麦18、周麦22、周麦31、周麦32、济麦20；

所述优良根系为根系总长长；

所述“基因型为CC的植物的根系优于基因型为CG或GG的植物”为基因型为CC的植物的根系总长长于基因型为CG或GG的植物；

所述根系总长长为小麦三叶期幼苗根系总长≥340cm，具体为根系总长≥349cm。