[发明专利]稻瘟病抗病基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记、标记方法、引物与用途

说明书

技术领域

本发明涉及稻瘟病抗病基因Pi-ta的功能标记、标记方法、扩增引物与用途，属于作物分子育种领域。 

背景技术

水稻稻瘟病由子囊菌Magnaporthe grisea(Hebert)Barr引起，是世界水稻生产中最严重的病害之一，每年因稻瘟病导致的损失，约占总产量的10-15%（Zheng et al.,2009）。目前，控制稻瘟病的主要手段是喷洒农药和应用抗病品种，前者会对环境造成一定的污染，不利于农业的可持续发展；后者虽是安全有效的途径，但由于稻瘟菌生理小种的易变性，往往会导致单个抗病位点的水稻品种在种植3-5年后将会丧失抗性。实践证明聚合多个抗病基因可有效持久抵御稻瘟病的侵染，因此，挖掘并合理利用抗病种质资源是解决这一病害的最佳举措。截至2013年8月，已至少报道了68个抗稻瘟病位点共83个主效基因(http://www.ricedata.cn/gene/gene_pi.htm)，据此，前人已开发了一批与这些基因紧密连锁的分子标记或基因序列本身的功能标记(Qu et al.,2006,Liu  et al.,2008,Zhang et al.,2013)，它们为水稻抗病基因分型及抗病聚合育种奠定了基础。 

Pi-ta是一个具广谱抗性的显性稻瘟病抗性基因，该基因编码产物能与稻瘟病菌的无毒基因AVR-Pita互作，引起抗病反应（Byran et al.,2000）。因此，挖掘并有效利用该基因将有助于水稻稻瘟病的抗性育种研究。前人利用该基因抗性位点与感病基因有一个碱基的差异，开发出三引物或四引物的SNP标记，但其中或存在检测过程较为复杂，或对试验条件要求较高，不利于规模化对Pi-ta抗性位点分型及标记辅助育种（Jia et al.,2004,Hayashi et al.,2006,Wang et al., 2007，Zhang et al.,2013)。 

发明内容

本发明所要解决的技术问题是针对现有技术的不足，提供一种稻瘟病抗性基因Pi-ta辅助育种的InDel（insertion-deletion)分子标记，其能用于Pi-ta基因的辅助选择育种，同时有助于Pi-ta抗性位点的快速、系统地分型。 

本发明所要解决的另一个技术问题是提供了前述稻瘟病抗病基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记的标记方法、扩增引物与用途。 

本发明所要解决的技术问题是通过以下的技术方案来实现的。本发明是一种稻瘟病抗性基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记，该分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO.1。 

 本发明的稻瘟病抗性基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记，是基于PCR技术，PCR扩增引物为下列引物对，核苷酸序列为5’→3’， 

正向引物：GTACATGTTTCATACCC（SEQ ID NO.2），

反向引物：TAGTTTAGTCGCCTAA （SEQ ID NO.3）

本发明还提供了稻瘟病抗性基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记的具体用途：用于对Pi-ta抗性位点的基因分型，或用于Pi-ta基因的辅助选择育种。

发明人在发明过程中， 

首先，根据目前含有Pi-ta抗病基因品种的序列，与感病品种“日本晴”序列比对，在Pi-ta抗病基因的2373位置，找到一个感病品种“日本晴”在该位置的一个“T”碱基的插入。

然后，本发明在插入的两侧开发了一对引物，利用该标记我们已对46份重要品种进行Pi-ta抗性位点的基因分型，并与四引物扩增受阻突变体系PCR相互比较，分型结果完全一致。