[发明专利]利用多个标记物确定核酸序列失衡

权利要求书

1.确定怀有胎儿的女性个体的生物样品中是否存在核酸序列失衡的方法，其中所述生物样品包括来自所述女性个体和来自所述胎儿的无细胞核酸分子，所述方法包括：

接收来自多个反应的定量数据，所述反应包括来自所述生物样品的无细胞核酸分子，其中所述数据包括：

对于多个临床相关的核酸序列：

(1)表示所述多个反应中临床相关的核酸序列的第一总量的第一定量数据；和

对于多个背景核酸序列：

(2)表示多个反应中背景核酸序列的第二总量的第二定量数据，

其中所述背景核酸序列不同于所述临床相关的核酸序列中的任何一种；

从所述第一定量数据确定所述第一总量；

从所述第二定量数据确定所述第二总量；

从所述第一总量和所述第二总量确定参数，其中所述参数提供所述第一总量和所述第二总量之间的相对量；

将所述参数与一个或多个截止值比较；以及

基于比较，确定所述胎儿基因组中临床相关的核酸序列是否存在核酸序列失衡的分类。

2.如权利要求1所述的方法，其中从所述第一定量数据确定所述第一总量包括：

对于所述临床相关的核酸序列中的每一个：

分析所述第一定量数据以确定所述多个反应中各个临床相关的核酸序列各自的第一量，

其中从所述第二定量数据确定所述第二总量包括：

对于所述背景核酸序列中的每一个：

分析所述第二定量数据以确定所述多个反应中各个背景核酸序列各自的第二量，

通过加和所述各自的第一量计算所述第一总量；以及

通过加和所述各自的第二量计算所述第二总量。

3.如权利要求2所述的方法，其还包括：

在计算所述第一总和与所述第二总和之前修正所述各自的第一量和第二量。

4.如权利要求1所述的方法，其中所述反应是测序反应。

5.如权利要求4所述的方法，其中所述测序包括连接。

6.如权利要求4所述的方法，其中所述测序包括合成。

7.如权利要求4所述的方法，其中所述确定第一总量包括：

将序列标签与人基因组进行比对；以及

计数与所述多个临床相关的核酸序列比对的序列标签的数目。

8.如权利要求4所述的方法，其还包括：

富集所述生物样品中所述多个临床相关的核酸序列和所述多个背景核酸序列；以及

接着，对所述富集的生物样品中的核酸分子进行测序。

9.如权利要求8所述的方法，其中所述富集所述生物样品中所述多个临床相关的核酸序列和所述多个背景核酸序列包括：

利用基于杂交的技术。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述利用基于杂交的技术包括：

利用寡核苷酸阵列通过杂交来选择所述多个临床相关的核酸序列和所述多个背景核酸序列。

11.如权利要求8所述的方法，其中所述富集所述生物样品中所述多个临床相关的核酸序列和所述多个背景核酸序列包括：

扩增所述多个临床相关的核酸序列和所述多个背景核酸序列。

12.如权利要求11所述的方法，其中将相同的引物对用于扩增所述临床相关的核酸序列中的一个和所述背景核酸序列中的一个。

13.如权利要求1所述的方法，其还包括：

在进行所述多个反应之前，富集所述生物样品中所述多个临床相关的核酸序列和所述多个背景核酸序列。

14.如权利要求1所述的方法，其还包括：

确定所述生物样品中胎儿DNA的部分浓度；

利用所述部分浓度来确定所述一个或多个截止值。

15.如权利要求14所述的方法，其中确定所述生物样品中所述胎儿DNA的部分浓度包括定量所述女性个体和所述胎儿之间的多态性差异。

16.如权利要求15所述的方法，其中所述定量包括：

鉴定所述女性个体是纯合而所述胎儿是杂合的靶多态性位点；以及

比较所述靶多态性位点处胎儿特异性等位基因的量与所述靶多态性位点处共同等位基因的量，以确定胎儿DNA的部分浓度，所述共同等位基因不是胎儿特异性的。