[发明专利]一种鉴定稻属B、C基因组的SSR标记BM1

说明书

技术领域

本发明涉及一种鉴定稻属B、C基因组的SSR标记BM1，属于分子生物学领域。 

背景技术

在当今全球人口继续增长而耕地面积和水资源逐渐减少的严峻挑战下，只有通过提高水稻的单位面积产量才能满足人类不断增加的粮食需求。而这一目标的实现和未来水稻育种的重大突破将在很大程度上依赖于水稻基因库（rice gene poo1），特别是对野生稻中丰富基因资源的开发和持续利用。这一对策已为育种实践中的大量实例所证明，如：普通野生稻（O.rufipogon）雄性不育（MS）基因的发现、转育和三系配套，为杂交水稻的育成和杂种优势的利用做出了巨大的贡献（Yuan，1993）；一年生普通野生稻（O. nivara）中的草丛矮缩病毒（grassy stunt virus）抗性基因的发现及将其导入栽培稻，为抗草丛矮缩病水稻品种的育成提供了唯一的抗源（Khush，1977），仅上述两项野生稻基因资源利用的成功实例所创造的价值已是以亿元为单位来计算。另外，BBCC基因组的物种具有抗病、抗虫、耐涝、耐盐等特性，在基因资源的开发和水稻现代育种工作中，具有非常重要的意义（Brar＆Khush，1997）。其中包括小粒野生稻（O.minuta），四倍体的斑点野生稻（O.punctata）以及O.malampuzhaensis，均由B、C两套基因组组成，与BB、CC基因组有着紧密的联系。BB基因组仅有一种稻种，二倍体的斑点野生稻（O.punctata，2n=24）；而CC基因组中包括药用野生稻（O.officinalis）、根茎野生稻（O.rhizomatis）和紧穗野生稻（O.eichingeri）。 

SSR标记亦称为微卫星标记（Microsatellite markers）或简单序列长度多态性标记（Simple Sequence Length Polymorphism，简称SSLP），在高等生物基因组中分布广泛。一般是由2-4个核苷酸组成重复单位（核心序列）重复几次至十几次所形成的长度为几十个核苷酸的串联重复序列，如(GA)_n，(AC)_n，(GAA)_n等，在染色体上呈随机分布。由于重复程度的不完全及重复次数的变化而造成每个座位丰富的多态性（Weber 等，1989），因此SSR是一种十分有价值的分子标记，目前已被广泛应用于水稻DNA指纹图谱的构建，群体和进化遗传研究，遗传多样性分析，种质资源保护与利用等研究领域。虽然重复区的长度在不同基因型的相同位点上会有变化，但重复区两边的DNA序列却是相对保守的单拷贝序列，因此当用同样引物，通过PCR将不同基因型的简单序列重复区扩增出来，可以显示等位基因间的多态性。SSR这一分子标记的主要优点：首先，SSR具有极其丰富的多态性，数量丰富，覆盖整个基因组，能够揭示较高的多态性，在染色体同一位置上有多种等位基因，众多不同的等位基因可作为特殊标签标明同源染色体的不同区域；其次，SSR以高水平的杂合型存在，这对于遗传作图十分有价值；再次，SSR标记呈共显性，遵循孟德尔遗传规律，不仅非常简单，而且通过PCR识别也较为简单；同时，作为中性标记，在多数情况下，SSR标记没有表型效应，不存在对个体的有害或次级效应；还有，具有等位基因的特性，能够提供的信息量大；除些之外，具有较高的通用性。它的缺点是这种技术要给各位点设计和合成特殊引物，需要进行大量测序工作，因而需要投入大量的人力、物力。 

发明内容

本发明的目的在于提供一种鉴定稻属B、C基因组的SSR标记BM1。为此，本发明采用以下技术方案： 

一种鉴定稻属B、C基因组的SSR标记BM1，它由核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.2 所示的下游引物组成。

所述的SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2的核苷酸序列如下所示： 

SEQ ID NO.1：CAAGTTGCATTTGGACATGG

SEQ ID NO.2：ATTGCCTTCACGTTTTGTCC。

由于采用本发明的技术方案，本发明提供了一种鉴定稻属B、C基因组的SSR标记BM1，能对B、C两套基因组进行鉴定，其检测的准确性高，操作简单。 

附图说明

图1为本发明的分子标记BM1对22份具有稻属B和C两套基因组种质资源的扩增图谱；