[发明专利]一种与海湾扇贝热耐受性相关的SNP标记及其鉴定方法和潜在应用

权利要求书

1.一种与海湾扇贝热耐受性相关的SNP标记，其特征在于：所述与海湾扇贝热耐受性相关的SNP标记位于海湾扇贝转录本Ai-53308序列的第760个碱基处，此碱基存在T和C两个形式；

所述海湾扇贝Ai-53308转录本，其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。

2.一种如权利要求1所述的与海湾扇贝热耐受性相关的SNP标记的鉴定方法，其特征在于：

包括步骤如下：

1）提取海湾扇贝的基因组DNA，使用灭菌水或TE缓冲液稀释到10-20ng/uL；

2）取步骤1）中所述海湾扇贝的基因组DNA为模板，利用引物F和R配制反应体系：基因组DNA1uL，通用PCR mix5uL，引物F和R各0.2uL，灭菌双蒸水3.6uL；所述反应体系可同比放大；

3）PCR扩增的反应程序为：

4）步骤3）所述的PCR反应结束后，加入饱和荧光染料Lcgreen及内标各1uL，经过95℃退火5-10min；

5）待步骤4）所述的退火后自然降温至室温，进行高分辨率熔解曲线分析，鉴定待测样本中所述海湾扇贝SNP标记的基因型。

3.根据权利要求2所述的与海湾扇贝热耐受性相关的SNP标记的鉴定方法，其特征在于：

所述步骤2）中，用于鉴定所述与海湾扇贝热耐受性性状相关的SNP标记的正向引物为F：5’-GATCTCAGAAGTGAACGTCTG-3’；

反向引物为R：5’-TGATTCTAGCCTGTACCATTAC-3’。

4.根据权利要求2所述的与海湾扇贝热耐受性相关的SNP标记的鉴定方法，其特征在于：

当所述基因组DNA浓度≤5ng/uL时，需加入4.6uL基因组DNA而不加灭菌双蒸水。

5.根据权利要求2所述的与海湾扇贝热耐受性相关的SNP标记的鉴定方法，其特征在于：

所述步骤3）中，内标为等量混合的高温内标和低温内标，即两条具有不同GC含量的双链寡核苷酸，高、低温内标终浓度分别为2.5uM。

6.根据权利要求5所述的与海湾扇贝热耐受性相关的SNP标记的鉴定方法，其特征在于：

所述步骤3）中，SNP基因型鉴定时所需的高、低内标序列，其中，高温内标序列为：

5’-GCGGTCAGTCGGCCTAGCGGTAGCCAGCTGCGGCACTGCGTGACGCTCAG-3’

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3’-CGCCAGTCAGCCGGATCGCCATCGGTCGACGCCGTGACGCACTGCGAGTC-5’

低温内标序列为：

5’-ATCGTGATTTCTATAGTTATCTAAGTAGTTGGCATTAATAATTTCATTTT-3’

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3’-TAGCACTAAAGATATCAATAGATTCATCAACCGTAATTATTAAAGTAAAA-5’。

7.根据权利要求6所述的与海湾扇贝热耐受性相关的SNP标记的鉴定方法，其特征在于：

获得内标的具体方法为：

1）委托公司合成四条寡核苷酸单链：

GWNB+：5’-GCGGTCAGTCGGCCTAGCGGTAGCCAGCTGCGGCACTGCGTGACGCTCAG-3’

GWNB-：5’-CGCCAGTCAGCCGGATCGCCATCGGTCGACGCCGTGACGCACTGCGAGTC-3’

DWNB+：5’-ATCGTGATTTCTATAGTTATCTAAGTAGTTGGCATTAATAATTTCATTTT-3’

DWNB-：5’-TAGCACTAAAGATATCAATAGATTCATCAACCGTAATTATTAAAGTAAAA-3’

2）用灭菌双蒸水溶解四条单链核苷酸使终浓度为10uM；

3）等体积混合四条单链核苷酸，得到高、低温内标终浓度分别为2.5uM的内标。

8.一种如上述任一项权利要求中所述的与海湾扇贝热耐受性相关的SNP标记的潜在应用，其特征在于：在苗种繁育前，通过非致死性取样提取亲贝基因组DNA，利用如上述任一项权利要求中所述的SNP标记及其鉴定方法判断亲贝基因型，通过弃选CC基因型亲贝有效提高后代群体的热耐受性。