[发明专利]使用靶基因表达的线性组合评价细胞信号传导途径活性

权利要求书

1.一种方法，其包括：

-至少基于在医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的细胞信号传导途径的一种或多种靶基因的表达水平（20），推断医学受试者的组织和/或细胞中的细胞信号传导途径的活性，其中所述推断包括：

测定在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中的转录因子（TF）元件水平（46），所述TF元件控制细胞信号传导途径的一种或多种靶基因的转录，所述测定至少部分基于评估将细胞信号传导途径的一种或多种靶基因的表达水平与TF元件的水平关联的数学模型（40-1,...,40-3），所述模型至少部分基于一种或多种靶基因的表达水平的一种或多种线性组合；和

基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测定的TF元件水平，推断所述医学受试者的组织和/或细胞中的细胞信号传导途径的活性；和

-基于所述医学受试者的组织和/或细胞中的细胞信号传导途径的推断活性，测定所述细胞信号传导途径在所述医学受试者的组织和/或细胞中是否异常运行；

其中所述推断通过使用细胞信号传导途径的模型的数字处理装置（12）来执行。

2.权利要求1的方法，其中对于一种或多种靶基因各自，提供在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的一种或多种表达水平，并且其中所述一种或多种线性组合包含对于所述一种或多种靶基因提供的一种或多种表达水平的所有表达水平的线性组合。

3.权利要求1的方法，其中对于一种或多种靶基因各自，提供在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的一种或多种表达水平，并且其中所述一种或多种线性组合包含对于所述一种或多种靶基因各自包括加权项的线性组合，每个加权项基于对于分别的靶基因提供的一种或多种表达水平的仅一种表达水平。

4.权利要求1的方法，其中对于一种或多种靶基因各自，提供在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的一种或多种表达水平，其中所述一种或多种线性组合对于所述一种或多种靶基因各自包含对于分别的靶基因提供的一种或多种表达水平的所有表达水平的第一线性组合，并且其中所述模型进一步至少部分基于对于所述一种或多种靶基因各自包括加权项的进一步的线性组合，每个加权项基于对于分别的靶基因的第一线性组合。

5.根据权利要求1至4中任一项的方法，其中所述细胞信号传导途径包含Wnt途径、ER途径、AR途径或HH途径。

6.权利要求5的方法，其中所述推断包括：

至少基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的所述Wnt途径的一种或多种，优选至少三种靶基因的表达水平（20），推断所述医学受试者的组织和/或细胞中的Wnt途径的活性，所述靶基因选自下述：KIAA1199、AXIN2、RNF43、TBX3、TDGF1、SOX9、ASCL2、IL8、SP5、ZNRF3、KLF6、CCND1、DEFA6和FZD7。

7.权利要求5的方法，其中所述推断包括：

至少基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的所述ER途径的一种或多种，优选至少三种靶基因的表达水平（20），推断所述医学受试者的组织和/或细胞中的ER途径的活性，所述靶基因选自下述：CDH26、SGK3、PGR、GREB1、CA12、XBP1、CELSR2、WISP2、DSCAM、ERBB2、CTSD、TFF1和NRIP1。

8.权利要求5的方法，其中所述推断包括：

至少基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的所述HH途径的一种或多种，优选至少三种靶基因的表达水平（20），推断所述医学受试者的组织和/或细胞中的HH途径的活性，所述靶基因选自下述：GLI1、PTCH1、PTCH2、IGFBP6、SPP1、CCND2、FST、FOXL1、CFLAR、TSC22D1、RAB34、S100A9、S100A7、MYCN、FOXM1、GLI3、TCEA2、FYN和CTSL1。