[发明专利]确定体细胞突变原因的方法

权利要求书

1.一种确定受试者患或将患癌症的可能性的处理系统，包括至少一个微处理器，存储器，输入/输出设备，以及一个外部接口，由总线相互连接，其中所述微处理器以应用软件存储在存储器形式执行指令以进行以下处理：

分析取自受试者生物样品的核酸分子，以对于诱变剂识别或靶向的一个或多个基序处的一种突变型的多个突变确定这些突变的密码子背景，从而对于核酸分子中多个突变密码子的每一个确定突变位置和突变类型，其中各个突变的密码子背景通过：确定所述各个突变发生在对应突变密码子的三个位置的哪一个来确定；

在一种突变类型在所述多个突变密码子的三个位置中的一个高于预期的突变百分比或数量时，确定已发生一个或多个诱变剂引起的靶向体细胞突变；并且

在已发生靶向细胞突变时确定所述受试者很可能患或将患癌症；

其中所述诱变剂是选自活化诱导胞苷脱氨酶(AID)和载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽样蛋白(APOBEC)胞苷脱氨酶的脱氨酶；并且

其中在以下情况发生时测得靶向体细胞突变：

核酸分子非转录链密码子MC-2点GYW基序的G到A突变的数量或百分比高于预期；

核酸分子非转录链密码子MC-1点WRC基序的CT突变的数量或百分比高于预期；

核酸分子非转录链密码子MC-2位点CG基序的GA突变的数量或百分比高于预期；

核酸分子非转录链密码子MC-1位点CG基序的CT突变的数量或百分比高于预期；

在核酸分子非转录链密码子MC-1位点CA基序的CT突变的数量或百分比高于预期；

在核酸分子非转录链密码子MC-1位点GA基序的GA突变的数量或百分比高于预期；

核酸分子非转录链密码子MC-2位点TG基序的GA突变的数量或百分比高于预期；

核酸分子非转录链密码子MC-1位点CC基序的CT突变的数量或百分比高于预期；或

核酸分子非转录链密码子MC-2位点WA基序的AG突变的数量或百分比高于预期。

2.权利要求1所述的处理系统，其中如果核酸分子非转录链密码子MC-2位点GYW基序的GA突变或MC-1位点WRC基序的CT突变的数量或百分比高于预期，则所述诱变剂是AID。

3.权利要求1所述的处理系统，其中如果核酸分子非转录链密码子MC-2位点CG基序的GA突变或MC-1位点CG基序的CT突变的数量或百分比高于预期，则所述诱变剂是APOBEC3G。

4.权利要求1所述的处理系统，其中如果核酸分子非转录链密码子MC-1位点CA基序测的CT突变或MC-2位点TG基序的GA突变的数量或百分比高于预期；则所述诱变剂是APOBEC1。

5.权利要求1所述的处理系统，其中如果核酸分子非转录链密码子MC-1位点GA基序的GA突变的数量或百分比高于预期，则所述诱变剂是APOBEC3H。

6.权利要求1-5任一项所述的处理系统，其中所述生物样品包括乳腺、前列腺、肝、结肠、胃、胰腺、皮肤、甲状腺、淋巴、造血、膀胱、肺、肾、直肠、卵巢、子宫和头颈部的组织或细胞。

7.权利要求1-6任一项所述的处理系统，其中所述癌症选自乳腺癌、前列腺癌、肝癌、结肠癌、胃癌、胰腺癌、皮肤癌、甲状腺癌、淋巴癌、血癌、膀胱癌、肺癌、肾癌、直肠癌、卵巢癌、子宫癌和头颈部癌。