[发明专利]利用胃息肉和胃癌特异性甲基化检测胃息肉和胃癌标记基因的方法

权利要求书

1.一种用于诊断胃癌的组合物，包括能够检测多配体聚糖2(SDC2)基因的CpG岛的甲基化的物质。

2.一种用于诊断胃息肉的组合物，包括能够检测多配体聚糖2(SDC2)基因的CpG岛的甲基化的物质。

3.如权利要求1或2所述的组合物，其中所述CpG岛是位于SDC2基因的启动子区、5'-非翻译区、外显子和内含子中的任一上。

4.如权利要求1或2所述的组合物，其中所述SDC2基因的CpG岛包含SEQ ID NO：1的核苷酸序列。

5.如权利要求1或2所述的组合物，其中能够检测CpG岛的甲基化的物质是选自以下组中的任一种：能够扩增包含甲基化的CpG岛的片段的引物对、能够杂交甲基化的CpG岛的探针、测序引物、测序-合成引物和测序-连接引物。

6.如权利要求5所述的组合物，其中能够检测CpG岛的甲基化的物质进一步包括能够结合到甲基化的CpG岛的甲基化特异性结合蛋白或甲基化特异性结合的抗体。

7.一种用于诊断胃息肉或胃癌的修饰核酸，源自示于SEQ ID NO：1的SDC2(多配体聚糖-2)基因片段，其中所述修饰核酸是通过修饰SDC2基因片段，使得在杂交过程中在SDC2基因片段中的至少一个胞嘧啶残基将被修饰为尿嘧啶或除了胞嘧啶以外的核苷酸而获得的。

8.如权利要求7所述的修饰核酸，所述修饰核酸包含示于SEQ ID NO：23的序列。

9.一种诊断胃息肉或胃癌的试剂盒，包括：PCR引物对，用于扩增包含多配体聚糖2(SDC2)基因的CpG岛的片段；和测序引物，用于对所述引物对扩增的PCR产物进行焦磷酸测序。

10.如权利要求9所述的试剂盒，其中所述PCR引物对和测序引物是这样的PCR引物对和测序引物，其在通过用对甲基化DNA和未甲基化DNA进行不同修饰的试剂处理来修饰包括CpG岛的片段后，检测CpG岛的甲基化。

11.如权利要求9所述的试剂盒，其中所述PCR引物对是示于SEQ ID NO：2和3的引物对，或示于SEQ ID NO：5和6的引物对。

12.如权利要求9所述的试剂盒，其中所述测序引物是示于SEQ ID NO：4或7的引物。

13.一种检测胃癌的方法，包括步骤：

(a)分离来自临床样品的DNA；和

(b)在分离的DNA中，测量作为胃癌生物标记物的SDC2(多配体聚糖-2)基因的CpG岛的甲基化，以检测胃癌。

14.一种检测胃癌息肉的方法，包括步骤：

(a)分离来自临床样品的DNA；和

(b)在分离的DNA中，测量作为胃息肉生物标记物的SDC2(多配体聚糖-2)基因的CpG岛的甲基化，以检测胃息肉。

15.如权利要求13或14所述的方法，其中从临床样品分离的DNA用对甲基化DNA和未甲基化DNA进行不同修饰的试剂进行处理，然后测量处理过的DNA的甲基化。

16.如权利要求15所述的方法，其中所述试剂是亚硫酸氢盐。

17.如权利要求13或14所述的方法，其中步骤(b)是通过测量所述基因的启动子、5'非翻译区(UTR)、内含子和外显子区域中的任一个的甲基化来进行的。

18.如权利要求13或14所述的方法，其中步骤(b)是通过测量在SDC2基因中具有SEQ ID NO：1的核苷酸序列的区域的CpG岛的甲基化来进行的。

19.如权利要求13或14所述的方法，其中所述CpG岛的甲基化是通过使用具有示于SEQ ID NO：23的序列的修饰核酸来测量的。

20.如权利要求13或14所述的方法，其中步骤(b)是通过选自下组的方法来进行的：PCR、甲基化特异性PCR、实时甲基化特异性PCR、使用甲基化DNA特异性结合蛋白的PCR、使用甲基化DNA特异性结合抗体的PCR、定量PCR、DNA芯片、测序、测序-合成以及测序-连接技术。

21.如权利要求13或14所述的方法，其中所述临床样品是选自疑似癌症患者或待诊断受试者的组织、细胞、血液、血浆、粪便和尿液。