[发明专利]用于基因型鉴定结核分枝杆菌的引物、SNP标记及方法

说明书

相关申请的交叉引用

本申请要求2012年11月26日提交的美国临时专利申请No.61/730,033的优先权，其公开的内容通过引用全部并入本文。

背景技术

1.技术领域

本发明系关于检测结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)，尤其是基因型鉴定结核分枝杆菌(M.tuberculosis)，之引物、SNP标记及方法。

2.相关领域的描述

结核病(TB)为全球性的健康议题。世界卫生组织(WHO)已确认结核病为流行病之一，并评估全球约三分之一的人口曾被结核分枝杆菌(MTB)所感染。流行病学研究已证实，不同基因型之结核分枝杆菌(MTB)可能于不同地区盛行，且基因型分布系与人口迁移相关。MTB基因组多样性是否会影响人类疾病之临床状况仍未有定论。

MTB菌株H37Rv之完整基因组已于1988年公开，其长度约4Mb，并包含约4000个基因。MTB可被分类为6个主要菌株及15个次要菌株。基因组变异影响MTB之传播、毒性、抗微生物剂抗性及其它属性，因此，用以区分不同MTB分离株之分子技术之发展亦为流行病学之重要关注焦点。

已发展出聚焦于产生系统发生信息数据之基因型鉴定方法，以研究不同来源之多个临床样品。近来，常使用两种基因型鉴定方法进行结核病传播之研究(van Deutekom H.et al.,J Clin Microbiol 2005,43(9):4473-4479)。间格区寡核苷酸分型(spoligotyping)系基于直接重复(DR)基因座之多态性，所述基因座由以非重复性间隔序列分开之36-bp之DR拷贝所组成。其为以PCR为基础之反向杂交技术进行MTB基因型鉴定。携带式数据格式可使实验室之间之比对更易于进行。到公开时日，基于间格区寡核苷酸分型特征匹配建立了可免费取得的菌株品系鉴定之数据库(Brudey K et al.,BMC Microbiol 2006,6:23)。另一种用于MTB菌株分型之分子技术则以分枝杆菌散置重复单元(MIRU)之不同数量纵列重复(VNTR)为基础(Mazars E.et al.,Proc Natl Acad Sci USA 2001,98(4):1901-1906；Comas I.et al.,PLoS One 2009,4(11):e7815；Supply P.et al.,Mol Microbiol 2000,36(3):762-771)。此方法系基于在所选的12、15或24个MIRU基因座的每个中所观察到的重复之数目，所述重复之数目使用以PCR为基础之方法确定。

然而，用于基因型鉴定MTB的常规方法仍有缺点，包含DNA样品需求量大、耗时、敏感性及特异性不足、无法对特定菌株进行基因分型。因此，仍须改善基因型鉴定MTB之方法。

发明内容

本申请描述用于基因型鉴定结核分枝杆菌之引物组，其选自引物组1至25之一。

本申请提供用于基因型鉴定结核分枝杆菌之延伸引物，其选自SEQ ID No.51至75之一。

本申请提供结核分枝杆菌之单核苷酸多态性标记之组合，所述标记选自SEQ ID No.76之位置301之T、SEQ ID No.77之位置301之A、SEQ ID No.78之位置301之A、SEQ ID No.79之位置301之G、SEQ ID No.80之位置301之G、SEQ ID No.81之位置301之G、SEQ ID No.82之位置301之C、SEQ ID No.83之位置301之G、SEQ ID No.84之位置301之C、SEQ ID No.85之位置301之A、SEQ ID No.86之位置301之A、SEQ ID No.87之位置301之A、SEQ ID No.88之位置301之G、SEQ ID No.89之位置301之A、SEQ ID No.90之位置301之G、SEQ ID No.91之位置301之G、SEQ ID No.92之位置301之A、SEQ ID No.93之位置301之C、SEQ ID No.94之位置301之C、SEQ ID No.95之位置301之T、SEQ ID No.96之位置301之T、SEQ ID No.97之位置301之T、SEQ ID No.98之位置301之T、SEQ ID No.99之位置301之T以及SEQ ID No.100之位置301之C。