[发明专利]测定复杂肿瘤全基因组绝对拷贝数变异的方法

权利要求书

1.测定样品中靶多核苷酸序列检测位置处的基因组区域的拷贝数的方法，所述方法包括：

使用从末端配对图谱所产生的数据，获得所述样品的序列覆盖度的测量数据；

校正所述测量数据的序列覆盖度偏差，其中校正所述测量数据包括进行倍性相关的基线校正；以及

至少基于校正的测量数据，估算多个基因组区域中每一个区域的总拷贝数值和区域特异性拷贝数值；

其中，通过一个或多个计算装置进行所述方法。

2.如权利要求1所述的方法，其中，所述方法还包括基于校正的测量数据进行隐马尔可夫模型(HMM)分段、评分以及输出。

3.如权利要求1所述的方法，其中，所述方法还包括进行基于群体的无读取和低置信区域的鉴定。

4.如权利要求1所述的方法，其中，所述方法还包括通过与基线样品的序列数据比较来标准化序列覆盖度的测量数据。

5.如权利要求1所述的方法，其中，序列覆盖度的测量数据的获得包括测量所述基因组的每一位置处的序列覆盖深度。

6.如权利要求1所述的方法，其中，校正所述测量数据的序列覆盖度偏差包括计算窗口-平均值的覆盖度。

7.如权利要求1所述的方法，其中，校正所述测量数据的序列覆盖度偏差包括在文库构建和测序过程中进行调整以解释GC偏差。

8.如权利要求1所述的方法，其中，校正所述测量数据的序列覆盖度偏差包括基于与单个图谱关联的其它权重因子进行调整以弥补偏差。

9.如权利要求1所述的方法，其中，所述序列覆盖度c_i通过下述公式确定：

ct=Σm∈MtP(DNB|R,m)/(∝+Σn∈N(m)P(DNBm|R,n)).]]>

10.如权利要求1所述的方法，其中，获得序列覆盖度的测量数据包括：

a)测定代表所述样品中基因组的多个大约随机的片段的序列的读数，其中所述多个提供了所述基因组的抽样，借此基因组平均一个碱基位置被抽样一次或多次；

b)通过将所述读数映射至参照基因组，或通过将所述读数映射至组合序列来获得图谱数据；以及

c)通过沿着参照基因组或沿着组合序列测量所述抽样序列的强度来获得覆盖度数据，

其中所述测量数据包括所述图谱数据和所述覆盖度数据。